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现代科学的脆弱还不仅如此。考古学所发现的古化石，是支撑人猿同祖进化理论的主要证据，但正是在这方面，更显示出其脆弱的本性。
这种“隆鼻人”使我们想起了古代埃及壁画中的神人们，他们也是“隆鼻人”。从地理上讲，埃及与美洲东隔太平洋，西隔大西洋，在遥远的古代，双方不可能有任何的往来，那么两处“隆鼻人”之间的关系又是什么呢？埃及人在描述他们心中神的时候，为什么会传到大洋彼岸去呢？这似乎只有一种解释，那就是，古埃及人与玛雅人他们见到同一种“隆鼻人”，也就是说，当时地球上确实存在这一人种，但他们与玛雅人及卓尔金年的关系尚不清楚。
在研究玛雅人留下的历法时，人们发现，玛雅人的历法中有三种不同的纪年法，即金星年、地球年、卓尔金年，它们分别是：金星年225天，地球年365天，卓尔金年260天。现在我们知道，玛雅人的金星年、地球年都计算得相当精确，达到了很高的天文学成就，而这两颗天体在太阳系里都能找到。但什么是卓尔金年呢？这让许多科学家百思不得其解。
有人解释说，卓尔金年是玛雅人的宗教纪年法，每年13个月，每月20天，这样刚好是260天。持此观点的人进一步解释说，这个260天日历是用来占卜吉凶的。但是，这种解释没有一点证据，为什么玛雅人要用260天来表示宗教情绪呢？13个月的划分也明显与地球天文学的发展历程不相符，而且，现在玛雅人的神话传说中也没有260天或13个月的任何证据。
也有的人认为，卓尔金年与其他两种历法是相同的，都是用来计算星辰运行的周期的，地球年是计算地球运行周期的，金星年是计算金星运行周期的，而卓尔金年则是计算卓尔金星的运行周期。然而，奇怪的是，太阳系里根本找不到260天绕太阳运行一周的行星，我们熟知的九大行星里也根本没有卓尔金星。按照天文学的计算，如果真有一颗周期为260天的行星，它的轨道应该在现在的金星和地球之间。假如卓尔金星是存在的话，它是在什么时间存在的？
现代天文学发现，金星与地球之间，虽然没有任何星体，但是存在一条陨石带，它是由无数大大小小的陨石构成，闯入地球大气层的陨石，绝大多数都来自这条陨石带。这一发现启发了天文学家，他们由此推测，在很久很久以前，太阳系里确实存在一颗周期为260天的行星，其位置正好处于金星与地球之间，有人称它为卓尔金星，也有人直接把它称为玛雅星。后来，这颗行星不知为什么，突然发生了大爆炸，其爆炸后的残骸形成了现在的陨石带。
人们这样来假设这一天文事故：卓尔金星曾经是一个自然条件十分良好的星球，河流中流动着液体水，高山与平原上到处都是植物和动物。这方水土养育了聪明的人种，他们就是玛雅人。在卓尔金星爆炸之前，玛雅人已经有了相当发达的文明，甚至超出了地球现有的文明程度，他们已经可以进行长距离的星际旅行。也许是因为自然的原因，也许是由于人为的因素，卓尔金星爆炸了。但是在爆炸的前夕，玛雅人开始疏散到其他星球，有一部分玛雅人来到了地球。但是，地球与卓尔金星的自然条件毕竟不同，对玛雅人是有相当危害的，尽管他们采取了许多措施，可是，地球环境中的各种病毒及新的重力条件，最终还是将灾难降临到他们身上，玛雅人开始退化，最后竟然无法继承自己的文明。
由于玛雅文明消失的相当突然，解读玛雅文化的钥匙又被西班牙人一把火烧得干干净净，因而，卓尔金星也就成了千古不破之谜，太阳系里是否曾经存在过卓尔金星？玛雅人为什么要发明260天纪年法？13个月的划分法究竟有什么特殊的意义？也许我们永远也不会知道了。
然而，80年代的考古学似乎又勾起了人们无限的暇思，因为人们在玛雅人生活过的地方，出土了一种新的人种化石，根据化石复原，研究者发现一个明显的差别在鼻梁。我们人类的鼻梁无一例外都是凹进去的，可是这种人的鼻梁却是隆起的，即从前额到鼻尖形成一条直线。古生物学家将这种人划归为“已灭绝的古猿类”。但也有些人根本不同意，提出许多证据，证明这种生物与古猿在生活年代上相去甚远，而且他们是人不是猿。孰是孰非，至今没有定论，看来这场官司还要打下去。
1995年初，中国科学院发表了一篇总结性的文章，介绍中国古人类考古50年来的主要成绩。读着这篇文章，明显感觉证据不足，比如，著名的元谋猿人，也就发现了两颗内侧门牙，一左一右；蓝田猿人只有一个下颔骨；丁村人，只有三颗牙齿，一小块头盖骨；马坝人，只有一个不完整的头盖骨；柳江人，只有一个完整头盖骨，四个完整胸椎及五段肋骨；资阳人，只有一块头盖骨，一块完整的硬腭；山顶洞人略多一些，有三个完整的头盖骨，几十颗牙齿和一些脊椎骨。要知道，从元谋猿人到山顶洞人中间有150万年的时间，我们仅凭一点点资料竟然能勾画出人类150万年的发展史，真有些不可思议。你怎么能用一小块头骨就确定它是人还是猿，或者是其他什么东西？无论如何，读着古人类学家给我们的结论，总有一种模模糊糊的感觉。
外国的古人类研究同样存在这个问题。《化石》杂志1995年第一期曾报道，埃塞俄比亚的亚的斯亚贝巴举行了一次记者招待会，会上，科学家展示了大约450万年前人类始祖的化石，命名为南方古猿，其证据：头骨后部一小块，耳骨和牙齿的一些碎片。1856年，在德国迪赛尔多夫城附近的尼安德特河谷的一个山洞里，人们发现了一块不完整的头骨和几根腿骨化石，从此，尼安德特人竟然成了早期智人的代名词，虽然后来又有少量发现，但证据乃不充分。
事实上，关于人类进化体系中的化石不完整性，早在19世纪英国的郝胥黎就曾指出过，人类不能直接从猿进化而来，中间存在一个巨大的化石空白区。至今的考古学也同样证实，所谓的新人之后有4万年的化石空白，这4万多年里，正在进化中的猿类跑到哪里去了呢？难道是跑到另外一颗星球去完成进化了吗？实际上，不但是人类，几乎所有的生物都没有进化中期的化石，为解决这种尴尬，科学家只有提出“突变学说”，即生物的进化不是逐渐完成的，而是在一个特定的环境下突然发生的。但这也是假设，而且更加没有证据。
其次，在考古测定方面也存在许多问题。目前我们考古测定通常使用碳－14测定法，但碳－14很不稳定，年代越远，差距也就越大，在人类化石的测定方面，有的误差几万年或几十万年，比如，元谋猿人170－－100万年，相差了70万年，蓝田猿人115－－75万年，相差了40万年。
还有，关于人类起源的研究时间并不算长，在20世纪初期的时候，一些学者认为，人类大约出现于4000多年以前，后来经过考古发现，把这个年代逐步高移1万年、2。5万年、4万年……再往后，美国科学家提出了10万年说，现在又提出了450万年说，这种大动荡的本身也说明了一些问题。而且在这其中也伴随着相当大的学术争论。
因此，有不少人对这套进化模式持怀疑态度。尽管从猿到人的进化中有许多诸如考古等方面的证据，但仔细分析起来，其中仍不难发现许多问题，如猿人和古人之间的过渡类型是什么？古人是如何向新人飞跃的？是什么力量促使它们变化的？为什么缺少中间类型的化石？
有人从进化的角度提出疑问：脊椎动物的四肢都着地，这样分散了脊椎骨的压力，这从生物学的角度来讲是合理的。而人却是直立行走的，直立人的脊椎所承受的压力过分集中，反而不如四肢行走的脊椎动物合理，为什么会发生这种进化呢？它是进化还是退化？
现在有一个问题需要注意，由于人与动物的最大区别（在外形上）就是人能直立行走，而动物则是爬行，因此我们总是想尽办法去解释这种区别，由于人比动物要先进得多，因此在解释时，我们总是首先确定这种区别的合理性，总是将这种区别看成是首尾相接的进化证据，这是不是也是一种误区呢？大家都在讨论直立行走的好处，那是因为我们人就是直立行走的，为什么不去分析一下四肢行走的好处呢？
按照一般观念认为，人类手脚的分工是在劳动过程中形成的，当自然环境变化将古猿赶出丛林，从而使前肢进化为手臂。而东非大裂谷地区的考察已经证实，这个前提条件至少在东非是不存在的，那么促使猿人手脚分工的环境又在哪里呢？同时，我们发现，蓝田猿人和山顶洞人，他们生活的地区并不是大平原或草原，而是植物比较茂密的山区，世界其他地区的猿人生活环境也基本与此相类似。而在这种自然条件之下，用四肢行动难道不比只用后肢行动更为有利一些吗？怎么会发生手脚分化的进化呢？
再者，用血浆蛋白分子差异程度的定量测定发现，人与现在的大猿、黑猿最为接近，大约在4000万年以前，人与大猿、黑猿分手。可奇怪的是，经过4000万年漫长的岁月，大猿和黑猿几乎没有什么明显的变化，它们永远属于灵长类哺乳动物，照目前的进化程度看，它们再经过4000万年也不会进化成智人和现代人。如果进化论是生物界的普遍规律，那么这个规律应该适合所有生物的进化，既然已经有一支猿类进化为人，那么我们为什么没有发现正在进化的其他猿类呢？或者说我们为什么至今没有发现其他猿类进化成人的趋势？为什么地球上只有人类的进化获得了如此速度？
如果从整个地球生物界来考虑，动物的进化虽然在体形上会有很大的不同，但在功能和特点上却是应该有同步进化的�