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设定导演看的脑袋疼，连整个逻辑都没缕清，沃卓斯基兄弟敢拍才真是见鬼了。
其实要想拍好黑客帝国，沃卓斯基兄弟是最佳人选，因为黑客帝国三部曲本来就是这对兄弟拍的。他们之所以搞不懂剧本，主要是少恭在原有的设定上加了很多自己的构思，尤其是这种在第一部中加了很多自己超出原著的设定后，这对兄弟就迷糊了。
少恭一个月未去公司，目前公司已经开拍的只有变脸、深海狂鲨和狂蟒之灾，此三部去年吴宇森参与了拍摄空中监狱已经积累了足够的经验，这部变脸即是为他量身打造。梦航的大白鲨取得的成绩斐然，深海狂鲨也有足够的经验和场地。而且第一部中就有第二部的伏笔，顺势推出后续也在情理之中。
叶旋加入梦航连续两部电影都在开拍，而狂蟒之灾的部分取景在地亚马，大部分在夏威夷的考艾岛，毕竟那里是遗世而独立，拥有原始风情，是侏罗纪公园的取景地，当做狂蟒之灾的拍摄地最适合不过。
至于极度深寒，范海辛，盗梦空间和加勒比海盗都在筹划当中。
唯一有问题的只是这马上要开拍的第四部影片黑客帝国让导演有些摸不着头脑，故而不敢开拍。
少恭回到公司，直接找到黑客帝国的导演，将整个故事的前因后果试图用最短的时间为他们讲解出一个黑客帝国系列逻辑自洽的故事线，哪怕将设定构思给他们推演了一遍，少恭也要力图一次性解决导演迷糊的问题。
因为导演对剧本犯迷糊，这样的电影是绝不能开拍的。毕竟连导演都没弄明白剧本，这样的电影拍出来也是扑街货。
按理说这个故事讲开了也很简单，如果将它当成一部纯科幻来讲，确实有些匪夷所思，但按照少恭的设定故事的开头，人类和机器/人工智能展开一场末日对决。人类很快溃败。那时候的机器是依赖于太阳能的，于是人类设法用覆盖整个地球的黑云屏蔽了阳光，试图以此阻止机器。结果却丝毫也没有起到作用，人类完败。照理说，这时候机器完全有能力彻底灭绝人类，但奇怪的是它们没有这么做。人类没有灭亡，而是被做成生物能电池，成了机器的能量来源。
如果从硬科幻的角度去较真的话，机器从人类身上获取能源显然不太合理。先把包含热量（能量）的营养物质让人类吃下去，人类依靠这些能量维生，然后其中显然只有极小的一部分转化为生物电能。兜了这么一大圈，机器就靠着最后转化出来的一丁点儿生物电存活。这在能源转化率上，实在是太低效了。即便是依靠现实世界中当前的人类科技，也有太多高效无数倍的方法将食物中的能量更直接地转化为电能。更别说在影片里那种程度的高科技设定下，机器有太多更有效的方法来获取能量。所以说，机器从人类身上获取能源只是个幌子。或者说，人类的确在做机器的电池，但这显然不是机器真正的目的。圈养人类的目的可能是出于别的理由。
，这点才是导演理解不了的地方，因为一部好的科幻影片绝不能再逻辑上出现悖论，这是商业模式下大制作最不能出现的问题。
让少恭对剧本的设定是一开始机器就不是完全冷血，它们本来就不希望人类灭绝，但同时也不想再想受人类威胁。这样一来，要与人类共处，最好的解决方案就是囚禁人类的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，这个虚拟世界，就是后来的那个“母体”、“矩阵”ri。而把人类作为生物电池，就只是副产品。甚至很有可能“人类是电池”这个说法只是后来那些觉醒的人类的猜测而已，囚禁人类身体的那个容器根本就不是电池，而只是一个纯粹的维生＋虚拟世界接入设备。
而另一个原因，可能是机器一直以来都希望研究人类以改善它们自己，这一点，从“先知”这个程序存在的目的上看出来。同样，出于消除人类威胁的考虑，将人类的意识接入虚拟世界供机器观察研究的同时，必须把人类以某种方式囚禁起来。于是，不论是出自哪个原因，总之不是“当电池”那么简单，“维生设备＋ri”这个软硬合一“人类圈养系统”就这样诞生了。从此，所有人类的身体都放置于维生设备里，而他们的精神都活在ri中。而大部分人都没有意识到自己感受到的一切，只是ri朝大脑发出的一系列神经刺激信号而已。
ri的设计者，是那个第二集重装上阵结尾处登场的“建筑师”。
建筑师只是机器世界里的一个i（人工智能）程序在ri世界里人型化的投影而已。实际上，，建筑师与第三集矩阵革命里现实世界中那个婴儿脸的“机器大帝”其实就是一体两面。它的背后，就是机器世界里拥有最高权限的管理程序。机器大帝是它在现实中控制实体机器的形象，而建筑师是它在ri里人型化投影的形象。
根据第一集里i探员和第二集里建筑师的描述，ri有过很多个历史版本。
一开始，建筑师对人类心理的了解非常有限，那时的它更像是纯粹的“计算机”。它设计的第一代ri里的一切都是可计算的。那一代ri在数学上完备，人类的大脑也必须在这个完美的数学模型中运行。但显然人类并不是这样的，人脑里不可以用简单的数学公式预测的怪点子太多了。这些东西，其实就是我们人类自己再熟悉不过的“自由意志”，人得有一些自由选择的空间才活得下去。因此一切都由数学公式定好的ri，显然不适应于人类大脑的这一特性，于是它崩溃了。
于是建筑师不死心，还以为这是因为人类不适应新环境，所以又以人类历史为背景重写了ri，让人类生活在某个他们的祖先曾经生活过的历史年代里。可这一代ri还是失败了。之后机器世界的最高管理程序建筑师这才意识到，它们对人类心理的了解实在太少了。于是它们编写了一个专门用于研究人类心理的高级程序——它就是“先知”。
而在这个新的机器程序先知的帮助下，建筑师的脑筋开始变得有点会转弯了。它为ri加入了一些数学上的随机性，里的人类开始有了一些让自由意志运转的余地，人的命运在这一版的ri里有了一些随机性。这样的ri就更接近现实世界了。
但是这一版ri还是有问题，问题主要来自两种bg。
第一类bg：人类中的叛逆之徒，因为即便是人类社会，人类中也总有1％的人“天生反骨”，这一小撮刺头总是天天怀疑ri是不是真实的。于是他们就成了系统的bg。如果放着他们不管，ri还是会崩溃。
为了对付这种bg，建筑师的方法是：允许那1％不太老实的人类觉醒，从ri中脱离。既然他们留在ri中会危害系统，那么索性就让他们离开。于是，机器世界放任这些觉醒叛逆分子在现实世界的地底造了一座叫锡安的城市，同时也默许他们时而接入ri，成为ri中的黑客，进行抵抗运动。这也是二、三两部续集中对第一部最大的颠覆：第一集中象征着人类自由的黑客，其实根本就身处建筑师的局中而不自知。
第二个bg源自程序自己，由于ri系统的不断改进，一些旧的程序会不时被删除。但是由于i的高级先进，ri中的这些程序除了本来被设计出来的属性外，也越来越多地沾染上了人类的思维方式与情绪。比如说，它甚至变得跟人类一样有了“怕死”的本能。这是ri里最有趣的设定之一。
这样一些不想死、不想被删除的程序，就在ri里躲了起来。第二集里的法国人就是这类程序中的佼佼者，他不但自己成了ri世界里最大的法外之徒，同时也为其他非法程序提供庇护，俨然是ri里最大的地下国王。
于是这些多起来的非法程序，就成了bg。bg太多的话，ri也有崩溃的危险。对于这一类bg，建筑师的对策是：集合他能找到的与非法程序有关的代码，编写了一个叫做“救世主”的程序，也就是主角。而第二部法国人的言论以及i探员与主角的命运纠葛就很容易看出来，主角程序与这些非法程序无疑是同类型的存在。而且，是他们的集大成者。
然后建筑师把这样一个程序植入某个人类的精神中，于是主角就诞生了。在ri的世界里，程序产生的意识和人的灵魂的差别其实已经很小了。这点第三部里的印度人一家其实就是程序，而它们显然就有了人类的感情。人与程序的不同仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂完全是可以结合的。他们的结合产生了新的物种，不属于机器，也不属于纯粹的人类，他们的精神，其实是跟主角一样的人脑产生的神经信号与程序代码的结合体，这也是建筑师与先知的最终目的，让机器与人类相融合，建立一个不分彼此的世界。
不过在这种世界建立之前，ri和现实还需按照设定好的演变。所以每一次当机器威胁到锡安中觉醒的人类时，抵抗军的黑客们就会遇到先知，而先知会让黑客们去寻找救世主，也就是主角，因为救世主能帮助他们打败机器。而这，显然是建筑师和先知的安排。
当主角被找到后不久，它的超能力就会觉醒——这也是他身上那些代码被激活，开始自己使命的一刻。而其他非法程序如法国人、白化兄弟、i探员的互动中，他自己身上的非法程序代码也会演进，最终演进成非法程序的集大成者。也就是说，通过与bg们的互动，救世主自己最后会成为bg之王。
随后，主角会在先知的指引下，率领着黑客们来到ri的代码之源，而主角会在这里见到建筑师。在被告知上述真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、遵从建筑师的安排返回代码之源，将自己身上集大成的非法程序融入ri的代码库。
这个代码库就相当于是一个收集病毒代码，专门负责把代码写