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虽然也有很多微生物如芽孢杆菌等非土著菌群，其共生作用与正常菌群有所不同，但它们更多的消耗肠内氧气，造成不利于致病菌生存的环境，还产生酶和维生素等代谢产物，起到促进动物生长的作用，故也常被用作微生态制剂的出发菌株。目前，还有许多优秀的菌种尚未得到开发利用，如拟杆菌、优杆菌、消化球菌等。
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（二）菌种的选择（）
1。 菌种不具有病原性
非病原性是生产微生态制剂筛选菌种的首要条件，有些病原菌即使促生长或者其他生产性能非常好，也绝对不予考虑。因此，必须确定开发菌株的安全性，并且对该菌种可能的代谢产物进行系统的研究。值得注意的是，一株现在无毒副作用的菌种，将来可能因为理化、微生物、毒素和菌种本身原因引起负性突变，变成有毒菌种，所以应定期对生产菌种进行安全试验检测。
2。 菌种须达到一定的浓度
微生态制剂中起主要作用的是活性微生物，虽然其中某些代谢产物对动物的生产性能也有一定的正面作用，但目前除少数微生态制剂以液体形式上市外，绝大多数均通过发酵、收集菌体、干燥和固化处理后以固形物投放市场。因此，保证制剂中活性微生物的含量对发挥其益生作用至关重要，对其产品的检验也应采用活菌记数，而不是细菌总量记数。
目前，对微生态制剂中活性微生物的含量尚无特别严格规定，数量在每克几亿个至几百亿个不等，如瑞典生产的 Medip？harmtabisil含乳酸菌20×10｛L…End｝ 9
个/克，乳酸杆菌≥5亿个/克，粪链球菌≥200亿个/克。由这些细菌混合制成的微生态制剂，细菌含量不少于50亿～100亿个/克。
3。 菌种理化性质要稳定
用于制备微生态制剂的菌种必须具有较好的稳定性，主要指对特定环境的耐受力，如温度、湿度、酸度、机械摩擦和挤压以及室温条件下的保存时间等。菌种稳定性的高低直接关系到微生态制剂的使用效果。对于饲用微生态制剂，必须经受饲料加工过程中高温的考验，所以菌种对温度的稳定性显得尤为重要。不同菌种对高温的耐受力差异较大，芽孢杆菌耐受力最强，100℃条件下作用2分钟只损失5％～10％；而在80℃条件下作用5分钟，乳酸杆菌、酵母菌的损失为70％～80％；95℃条件下作用2分钟损失可达98％～99％。在一般的制备过程中，80℃～100℃对芽孢杆菌的影响较小，对乳酸杆菌、酵母菌和粪链球菌等影响较大。就耐水性而言，孢子型细菌耐受性最好，肠球菌、粪链球菌次之，乳酸杆菌最差。除耐酸性的芽孢杆菌和乳酸菌外，一般的活菌制剂在胃酸作用下会被大量杀死，残存的少量活菌进入肠道后很难形成菌群优势。因此，不耐酸的活菌制剂其含菌量必须达到相当大的浓度才能发挥益生作用。此外，饲料的保存时间、饲料中的矿物质和不饱和脂肪酸也会影响益生菌的活力。微生态制剂稳定性方面的研究，一直是微生物学家的研究热点，随着多种技术的不断运用，出现了加入适当的包裹剂的产品，使微生态制剂的稳定性有了进一步的提高。此外，也可运用基因工程技术构建更利于生产、保存、定植、繁殖或具有特殊功能的工程菌制剂。
4。 适合规模化生产
用作微生态制剂生产的菌种应适合大规模培养，这样才能有效降低生产成本。应特别筛选那些在体内外繁殖速度快、生长条件要求低、可在较短时间形成高生物量的益生菌，同时对菌种的生理特性进行系统的研究，探索菌种生长的最适生长条件。目前，微生态制剂菌种的培养主要选用固体表面发酵法和液体深层发酵法。固体表面发酵法生产成本高，产量低，不适宜工业化批量生产；液体深层发酵法是现代发酵工业的主要形式，可使用机械搅拌式发酵罐或气升式发酵罐发酵菌种，细菌经发酵培养大量增殖后，经浓缩、干燥得到半成品，然后按要求配成成品。
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（一）微生态制剂的选择（）
目前，市场上很多微生态制剂为通用型，即一种产品多种动物均可使用。没有针对一种动物开发特定的专用产品，且使用目的并不明确，导致这些产品的使用效果难以保证。
不同种类的微生态制剂，其中所含细菌对宿主有一定的特异性，因此在选择微生态制剂时，应根据养殖品种，选择相对应的微生态制剂。在使用微生态制剂的同时要充分考虑到其作用对象以及使用目的，对不同的动物要区别对待。
有益活菌对宿主的定植有种属特异性，因正常菌群在动物消化道内定植是通过细菌的黏附作用完成的，这种黏附作用具有种属特异性，从某一动物分离的细菌，只对该类动物具有较强的定植性，对其他动物则不易定植。同时，细菌的种属不同，其黏附性也有差异，细菌的黏附性是由特异黏附素C（一种蛋白样物质）来决定的。
微生态制剂根据用途可分为养殖环境调节剂、控制病原的微生态控制剂以及提高动物抵抗力增进健康的饲料添加剂等3类。在实际生产中应根据不同的需要选择合适的制剂，预防动物常见疾病，选用乳酸菌、片球菌、双歧杆菌等产乳酸类的细菌效果会更好；促进家禽快速生长、提高饲料转化率则可选用以芽孢杆菌、乳酸杆菌、酵母菌和真菌等制成的微生态制剂；如果以改善养殖环境为主要目的，应选用光合细菌、硝化细菌以及芽孢杆菌为主的微生态制剂。总之，在动物微生态理论指导下有针对性地使用，才能以最经济的代价达到理想效果。
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（二）微生态制剂的使用时间及时机（）
微生态制剂在动物生长的任何过程均可使用，但不同生长时期微生态制剂的作用效果有所不同。从新生畜禽开始使用，可保证其中的有益微生物先占据消化道，从而减少或阻止病原菌的定居；动物处于幼龄期时，体内微生态平衡尚未完全建立，抵抗疾病的能力较弱，此时使用微生态制剂，可较快地进入体内，并迅速占领附着点，从而使微生态制剂的效果发挥到最佳。
研究表明，新生反刍动物肠道内有益微生物种群数量的增加不但可以促进宿主动物对纤维素的分解和消化，而且有助于防止病原微生物侵害肠道。另外，在断奶、运输、饲料改变、天气突变和饲养环境恶劣等应激条件下，动物体内细菌的微生态平衡遭到破坏，这个时期引入微生态制剂可有效地调整动物体内细菌的微生态平衡，对形成优势种群极为有利。因此，把握益生菌的应用时机，尽早饲喂，并要连续长期饲喂，达到建立优势菌群的数量优势，其益生作用才能得到充分发挥。
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（三）微生态制剂的添加剂量（）
建立益生菌的数量优势和连续使用是合理使用微生态制剂应注意的问题。微生态制剂的益生作用是通过有益微生物在动物体内一系列生理活动来实现的，其最终效果同施加的益生菌的数量密切相关，数量不够，在体内不能形成菌群优势，难以起到益生作用。试验研究表明，如果一种细菌在盲肠内容物中的浓度低于10｛L…End｝ 7
个/克，则该菌产生的酶及代谢产物不足以影响宿主；数量过多，超出占据肠内附着点和形成优势菌群所需的菌量，益生菌的功效不会增加，还会造成不必要的浪费。微生态制剂用于特定养殖动物所需的菌群数量目前尚无统一的规定，国外学者认为，乳酸杆菌因制剂不同而有差异，其数量不少于10｛L…End｝ 7
个/克，每日施加0。1～3克，一般添加量为0。02％～0。2％才能保证效果。
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（四）微生态制剂与抗菌药物配合使用（）
在我国的规模化养殖模式中，饲料中抗菌药物的添加是不可避免的。养殖场在使用微生态制剂的同时使用抗菌药物，会导致两者出现拮抗，影响微生态制剂效果的发挥。因此，在使用微生态制剂时要合理地使用抗菌药物。
由于抗菌药物的杀菌作用十分明显，可以弥补微生态制剂在治疗上的不足，因此可以先用抗菌药物杀灭病原菌，扫清道路，使微生物制剂无竞争对手，无阻碍地建立全新的肠道微生态体系，以更好地发挥微生态制剂的作用。在动物发病期，可先选用针对性较强的抗菌药物杀灭致病微生物或抑制致病微生物的繁殖，控制疾病的蔓延。但抗菌药物在杀灭致病菌的同时，动物体内的正常菌群也遭到破坏，故此时引入微生态制剂，通过其独特的益生作用，使紊乱的肠道菌群平衡得到恢复，这就是所谓的微生态制剂与抗菌药物的协同作用。
因为微生态制剂所含有的活菌对抗菌药物及其他杀菌药物敏感，故使用微生态制剂时，不可与抗菌药物及其他杀菌药物混用，如果确实需要使用这些药物，也应间隔24小时以上再使用，尽量不要把这两种制剂同时使用。
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（五）微生态制剂的保存（）
微生态制剂含有一些活的微生物，不良的保存方法会造成微生物数量的减少，导致微生态制剂活性降低或失活。未开封使用的微生态制剂应保存在干燥、凉暗的地方，适宜的保存温度为5℃～15℃；未用完的微生态制剂应存放在干燥、凉暗的环境中，同时要特别注意密封，因为氧气可能导致微生态制剂中的厌氧菌死亡。微生态制剂不论开启与否，均不宜长时间存放，存放时间越长，活菌数目越少，其功效越差或完全失去效力。
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四、微生态制剂在使用中存在的问题（）
虽然微生态制剂在�