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尽管刘纯在感谢之余，又觉得很委屈；但是他要振奋精神，当好编修使。
可是太医院还是不调派医官。怎么办呢？他决定找好朋友道衍和尚想想办法。道衍和尚也是永乐皇帝朱棣的好朋友，已经被朱棣赐名姚广孝了，而且当了正三品的太子少师。开国皇帝朱元璋信佛。他给每个儿子配备了一个和尚，初衷是教育儿子信佛；可是道衍和尚却帮助四儿子朱棣发动了政变，这是朱元璋始料不及的。刘纯见了姚广孝，刚说几句话，姚广孝就说：“你看，我把你的官印都准备好了。”说着就拿出一个硕大的印鉴来。这方28×15×15厘米的大印，原来是元朝皇帝赐给西藏花教，象征权力的官印。元朝灭亡之后，西藏黄教取代了花教，就把旧官印缴还给明朝政府。前几天，朱棣把这颗方印赐给了姚广孝；姚广孝看了看，说不如给刘纯当官印，因为刘纯信仰小乘教。朱棣笑了，说：“听卿的！听卿的！”
刘纯谢了姚广孝，刚要张嘴说话，姚广孝又说：“我是你肚子里的蛔虫，我知道你想说什么。你现在没有衙门，没有啰啰兵，对不对？”刘纯急着说：“着啊！”姚广孝笑着说：“我告诉你，周王那里编完了《普济方》，留下一帮子医官没有地方打发，也急得团团转；你接过来就是了。”于是两个人一块儿去了河南，找皇帝的弟弟周王朱橚。朱橚也因为《普济方》受到许多名医的指责而莫名其妙，巴不得把指责弄清楚。听说刘纯要深入研究，朱橚非常支持，于是一谈即成。编写《普济方》的医官全部交给了刘纯。于是刘纯在南京太医院的大门口，挂上了《钦命大明医典编修使》的牌子，开始办公了。
以囚试医奇怪吗？不奇怪。因为明朝的死囚犯及其家属没有人权。
比如，为了整肃吏治，明朝开国皇帝朱元璋，在1371年规定，无论官大官小，只要贪污60两银子，一律判处死刑。这种死囚犯不仅要砍头，而且还要被剥皮。当时各个府、州、县的土地庙就是剥皮场；而且在官府大堂的公座旁边，就摆着人皮囊。死囚犯被剥了皮，其家属是无权抗议的。
又如，为了研究武器，明朝景泰皇帝朱祁钰，曾经下旨让神机营使用死囚犯做试验，研究先进的火炮、火铳；许多死囚犯被炸死炸伤。火炮、火铳的威力得到不断地提高。因此在1449年，兵部尚书于谦在指挥北京保卫战的时候，明军神机营的火炮、火铳发挥了巨大威力，把蒙古军队打得溃不成军，甚至蒙古军队的铁元帅孛罗卯那孩，也被火炮击毙。死囚犯被炸死炸伤，其家属是无权抗议的。
再如，为了刑侦取证，明朝的大明律规定，可以使用死囚犯做试验。明朝成化年间，江西省铅山县有一个砍柴人爱吃黄鳝。有一天，他吃完妻子做的黄鳝之后，突然肚子疼，挣扎了一会儿就死了。邻居怀疑是砍柴人妻子投毒，就把她扭送县衙。砍柴人妻子不承认，而且验尸也没有投毒的证据。这怎么断案呢？县官张昺怀疑是黄鳝中毒。然而谁也没听说黄鳝有毒。怎么办呢？根据砍柴人妻子描述的黄鳝的产地和形状，县官张昺让渔民捕来同样的黄鳝，让砍柴人妻子当场烹调。然后提出一名死囚犯，当场把黄鳝吃掉。结果，死囚犯吃完黄鳝之后，突然肚子疼，挣扎了一会儿就死了。于是县官张昺判决砍柴人妻子无罪。死囚犯提前死亡，其家属是无权抗议的。
古代的死囚犯，尤其是明朝的死囚犯，其处境是十分悲惨的。且不说为什么被定罪，这个人一旦被判处死刑，即便是宣布秋后处决，也可能被随时处死，或者当了试验品，以及瘐死狱中。这是非常不人道的，然而历史就是如此。
况且中医的许多经验，都是拿人试出来的。
比如，上古的炎帝神农氏，曾经日尝百毒，记录了许多食物和药物的性能。
又如，明朝的李时珍根据病人的吃药反应，编写了《本草纲目》。李时珍，字东璧，号濒湖老人。生于1518年，卒于1593年，享年75岁。湖北蕲春人。1556年担任明朝嘉靖太医院院判，一年后辞职回乡。《本草纲目》是他花费27年功夫编写而成。书中记载了药用植物1195种，药用动物340种，药用矿物357种。处方11096个，插图1110幅。1596年，其子李建元，给明朝万历皇帝朱翊钧写折子：“湖广黄州府儒学增广生员李建元谨奏。臣故父遗书刊行。伏望圣鉴。大明万历二十四年十一月十八日进呈。”御批：“即奉圣旨钦此”。于是《本草纲目》在留都南京，由官方出版发行。1606年首先传入日本，以后又流传世界各地。
再如，古今的许多中医为了给人治病，经常拿自己当试验品。
另外，说句打嘴的话。汉朝名医张机，字仲景，被后人尊称医圣。他怎么成为医圣呢？是谁教给他如此高明的医术呢？别忘了，他是东汉时期的长沙太守！作为太守，他手里是有许多死囚犯的。这就不能不让人推测，他有以囚试医之嫌。他不可能是梦中得到良方，也不可能是拿自己做试验，更不可能是拿病人一个一个去试；因为他的医术涉及面太广。
有人说，用人体做试验是不人道的。
是的，是不人道的。但是医学问题必须拿人体做试验。因为细胞试验是极不准确的，而动物试验的结果又误导了医生。比如：我们如果在癌细胞的培养液里加入白糖，那么癌细胞就会死亡；但是我们不能认为白糖是抗癌药，因为任何改变培养液成分的东西，都会造成癌细胞死亡。又如：长期以来，我们认为一个人的自然寿命＝青春期年龄×7，许多人信以为真；然而这只是大白鼠的试验数据，并不是人类的自然寿命。
做现代医学的研究从细胞开始，经过动物试验，最后进入人体试验阶段。不过现代医学的受试人体，叫做自愿受试者，而不是强迫。医生要与受试者签订法律合同，医生要支付受试者报酬，医生要保证受试者的生命安全，医生要赔偿受试者的副作用。因此现代医学的研究费用是极其高昂的。也正因为如此，这种人体试验只能在发达国家进行。多少年来，许多自愿受试者变成了痴呆、截瘫、丧失劳动能力。在此，我们致以崇高的敬佩。
不过即便通过人体试验的成功，也不能保证试验数据是安全的，还要经过长期的临床考验。而长期的临床考验，又发现许多花费巨资研究的药物，竟然制造出医源性疾病；这就迫使我们医生忍痛淘汰了许多药物。几乎隔上几年，世界卫生组织就宣布一些药物作废而禁止使用；这就使得一些医生很茫然，也激起了许多病人的愤慨。
因此，我们人类应当珍惜中医经过人体试验，又经过几百年临床考验的预防疾病和治疗慢性病的方法。不过，中医公开的方剂书，只是记载了许多古代医生教学用的方剂或者医生经常使用的经验方剂，以及太医院给医官所的指导方剂。而中医的秘方是知识产权，是不可能公开的。所以我们不能认为市场药物就是中医的传统药物；更不能认为市场药物制造了医源性疾病，就认为中药不过如此。因为真正的秘方，无论是选料还是制造都是独特的，不可能大量销售，也不可能公开。
长期的临床实践证明，中医几百年预防疾病和治疗慢性病的经验，是十分安全可靠的；这不仅是中国人的财富，也是全世界人类的财富。可能正是出于这种考虑，世界卫生组织才慎重提出了重视中医的号召；而且联合国大会通过了《阿拉木图》宣言。
以囚试医，应当从哪里入手呢？刘纯认为应当从辨证施治入手！
因为辨证施治是中医的最基本的指导思想。如果指导思想不清楚，那么就会一步错百步歪，整个试验过程就是混乱的。辨证的证是证候群；证候群是疾病的病理，是疾病的本质问题。那么人类的疾病到底有多少个证候群呢？《内经》的病机是19条，刘完素又新增了一条，也就是说证候群只有20个。但是有些医生把辨证施治理解为对症治疗了。因此把证候群随便划分为几百个，甚至无数个，这显然是胡编乱造了。编写《普济方》的医官都是当代名医，但是从1402年到1406年，花费四年功夫编写的《普济方》，却把证候群分为778个。这些医官显然是受命于周王朱橚贪大求全的要求，不能埋怨那些名医敷衍了事。
到底应当有多少个证候群呢？刘纯和医官们经过两年多的激烈讨论，终于参照《内经》的19条病机，把两千多年来发现的2175个疾病，根据症状归纳为16个证候群。周王朱橚是个外行，他主持编写的《普济方》，收集了1960个论点，2175个疾病，778个证候群，61739个处方。好像是面面俱到的医学巨作，其实只是问题的罗列，这让初学者无所适从，也无法指导临床工作。
刘纯花费了两年多的时间，组织医官讨论并确定了16个证候群。这是非常必要的，这就明确了研究的方向。
但是怎样去治疗这16个证候群呢？在《普济方》的61739个处方中，是应当筛选出一些处方，还是应当改进，甚至是应当创立新处方？刘纯要求医官们，必须采取制造疾病模型，然后再去找治愈的方法，去考虑这些问题。千万不能抱有门户之见。只有能够制造疾病，才能明确疾病的病因；只有能够治愈疾病，才能真正掌握疾病的治疗方法。
由于许多人得病之后，都是不想吃饭，结果是自己把自己饿死；这就要研究如何让病人想吃饭以及吃什么饭的问题。因此，除了16个证候群之外，还要加入升提胃气和食疗两个问题。这两个问题也是十分重要的。病人不想吃饭了，饿也把人饿死了，还谈得上怎么治病吗？病人吃什么饭才能迅速强壮呢？不能越治越虚弱啊！这样算起来，应当是研究18个问题。