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20世纪80年代末，由于民间的专家指责军方以生物防御的名义在基因重组实验方面大肆花钱，对细菌威胁的怀疑上升了。他们批评说，这种做法是毫无意义的。搞调查的记者查尔斯·皮列尔和加利福尼亚大学旧金山分校分子生物学家基思·R·雅马莫托获得一大批有关通过查讯自由法搞研究的文件，并于1988年出版了一本著作《基因战：军方控制新基因技术》。作者谴责了正在开展的努力，指为既无必要也是幻想。细菌在其自然状态下已经够可怕了。此外，他们认为，超级细菌也决无可能转化为可行的武器，因为任何国家想开发它们都必须秘密进行，因而无法正确地测试它们。这种威胁被夸大了，皮列尔和雅马莫托写道，“想象已到不着边际的地步了”。
他们的观点得到政治上的回响。1989年5月17日，参议院政府事务委员会就五角大楼资助研究召开听证会。雅马莫托出席作证，他引用了军方的脱氧核糖核酸重组研究的新证据，包括开发一种可以避开疫苗的肉毒杆菌。“我没有看到任何证据可以说存在着生物战方面的生物技术研究竞赛，”雅马莫托告诉参议员，他指的是苏联人可能搞的生物战进展，“但是，即便有这种竞赛，美国也远远跑在前面”。
俄亥俄州民主党参议员，委员会主席约翰·格伦派了国会的调查机构总审记局去检查五角大楼的细菌研究项目。1990年12月，调查报告发布质询军方对研究项目的选择。美国情报部门在产生一个“有效威胁清单”时有过一个正式的程序——这个清单列出的病原体被认为在全世界作为武器在发展。总审计局调查人员发现有49项政府拨款的项目，共4700万美元，涉及未在清单上列出的外国的细菌，表明这些研究缺乏防御的合理性。报告的结论是：“军方不必要地扩大研究开发资金，搞的东西并不是解决被证实的威胁。”
艾琳·R·乔夫内斯是格伦的一个助手，获得过遗传学硕士学位和毒理学博士学位，她帮助组织了1989年的听证会，以及随后对军事研究新浪潮的控制。她说，“雅马莫托和皮列尔没错，实际情况甚至比他们想的还要糟糕。”
军方在迪特里克堡的医学研究开发负责人菲力普·K·罗素对总审计局的报告和格伦的听证会深感震惊。罗素是在读到情报报告后下命令研究外国病毒的，那些报告说苏联人在积极发掘这些病毒。把一个新的毒剂列入威胁清单是很费时间的、官僚主义的操作。罗素并不觉得他应该等待。“我们知道俄国派人到非洲企图收集伊波拉病毒和马尔堡病毒，”他回忆道，“对我们来说，那就足够了。”
格伦参议员相信军方已经转向，危险地接近进攻性研究。格伦自己是退休的海军陆战队军官，他并不反对防御性的开支。他就是认为美国政府不要在其实验室玩什么超级细菌。这是令人反感的，即便按照律师式地解释生物武器公约可以允许这么做也罢。格伦施加了压力限制拨款。罗素很失望。他感到肯定的是，苏联人在病毒武器方面正取得进展，然而，参议院却阻止他从事有助于防御的研究。数年后他说，“这是令人悲伤的事件，一个悲剧。它使我们的病毒项目倒退了。”
对公众来说，莫斯科制造生物武器的案例似乎更模糊不清了。梅塞尔森以及如耶鲁大学的托马斯·D·西利这样的同盟军，都削弱政府关于黄雨的主张，在数年里通过一系列谨慎注明出处的文章亮出他们的论点。有一篇文章对蜜蜂花粉和黄雨样本在电子显微镜下的观察做平行的比较。两者看上去是一致的。1987年，在《外交政策》上有一篇文章，题为“东南亚的黄雨：崩溃的故事”，该文提到英国和美国的政府实验室在100多个样本中寻找真菌毒素，但没有找到。该文根据新闻报道自由法引用得到的文件，透露美国的小组人员在东南亚搜了两年，寻找能够支持这种指控的证据，但没有找到。根据这些文件，美国的人员与原来的证人再次面谈，其中有几个人改口了，称他们原先的说法实际上也是第二手的。
关于黄雨的争议渐渐淡化，即便有些美国官员仍然相信苏联人在东南亚使用了非常规的毒剂。莱德伯格仍然持怀疑态度。真菌毒素的证据很微弱，这无可争辩；政府因其漏洞百出的所谓科学而名声扫地。但令他不安的是不断有报告称苏联人和他们的盟友使用细菌与化学武器。莱德伯格觉得问题还在那里，没有消失。
关于斯维尔德洛夫斯克，问题也仍然存在。苏联人一再断然拒绝梅塞尔森和其他人的请求，允许一个独立的小组访问该城市并调查那次爆发事件。但莫斯科最后说已经有新的研究显示那里的死亡是由被污染的肉引起的。1988年4月，梅塞尔森安排了两位苏联科学家来到美国，让他们在坎布里奇、巴尔的摩和华盛顿举行的公开会议上讲解。会议进行得颇为得体，没有针对腐肉论提出特别的挑战。梅塞尔森说他发现苏联的说法“完全是可能的，也符合我们从文献和记载的经验中所知的动物和人的炭疽病”。然而他仍然认为在苏联内部进行更多的调查是必需的。
罗素没有被说服，他觉得苏联人保留了关键的证据。从空气传播的孢子传染的炭疽病能够与肠道内的炭疽菌区别开来。通过肺部传染的病人典型的症状是对胸腔纵隔造成严重的明显损伤，就是在肺叶之间胸骨下方的部位。苏联人提交了死于斯维尔德洛夫斯克一些人的解剖片段，但这些片段都没有显示关键的组织。
几个月后，在一篇刊登在军备控制刊物上的文章中，梅塞尔森说美国对发生在斯维尔德洛夫斯克细菌战事故的指控显然“需要谨慎和客观的评估”。他写道，来自苏联方面的更多细节可以消除“任何仍然存在的合理怀疑，那次爆发究竟是否系自然的发生”。在1989年5月参议院听证会上，梅塞尔森在一群更有影响的听众前阐述了他的看法。他说，“大量可得到的证据表明，炭疽病爆发的原因是没有把感染了炭疽病的动物同民间出售肉的市场加以隔离，如苏联人所提出的那样，而不是美国先前所强调的，原因在一个生物武器工厂发生的爆炸。”
梅塞尔森告诉参议员他相信生物武器公约在全球范围内取得了成功，“今天，就我所知，任何国家都不拥有生物和毒素武器的储存”。
第二部分曝光（9）
几个月后，1989年10月，苏联的一个高级生物学家叛逃英国，他的故事就完全不同了。弗拉基米尔·帕谢奇尼克对讯问者描述了一个高度机密的世界，在那里有数万名专家埋头于完善和部署细菌武器。帕谢奇尼克说，没错，苏联生产了远程导弹运载细菌。他曾经是列宁格勒的超净化生物准备研究所的所长，该研究所是散布在苏联各地的大量伪装机构之一。他说，他的研究所有400个科学家，从事研究巡航导弹的改制以撒播细菌。这种低空飞行可控制的飞行器能够避开早期预警系统，被采用来对没有疑心的敌人喷洒病原体烟雾。
西方专家对前苏联的细菌项目从来没有如此深入透彻的了解，他们现在所知道的似乎超过了病毒—毒气帮专家最鹰派的想法。美国情报分析人员猜想苏联人也许在搞鼠疫，但帕特里克和其他专家排斥了这种想法，指出美国从未搞出过可以在实验室以外存活的鼠疫细菌烟雾。帕谢奇尼克告诉英国当局，他的研究所搞成功了美国人干不成的事情。他们甚至还创造了一种新的经过基因改造的黑死病菌。
他和他的同事制造的超级细菌对高热、低温和抗生素都更具抵御力，帕谢奇尼克说。苏联人把科恩和博耶的发现派上了致命的用途。美国人早期的实验之一是创造了一种抗青霉素的大肠杆菌菌株，后者原本是普通细菌。苏联人使用同样的技术完善他们的鼠疫武器。细胞质基因是脱氧核糖核酸的微小环圈，对基因工程具有关键的意义，也控制着细菌自然抵御微生物敌手。苏联人修补鼠疫菌的细胞质基因，使新菌株具有目前的疫苗和抗生素无法穿透的能力。这是足以令世界惊慌失措的里程碑。
帕谢奇尼克的曝光赋予苏联的传统毒剂和经工程改造的病原体以新的重要性。苏联科学家已经把传统的和新的方法结合起来，创造了全新的致命武器种类，帕谢奇尼克如此指控道。他解释说，超级鼠疫菌已不再仅仅是实验室的好奇对象。苏联人把干燥的粉末状细菌做进炸弹、火箭弹头、炸弹束，而这仅是苏联已经开发的众多改进毒剂的一种。
情报官员对叛逃者是有怀疑的。这种人总要说他们的新主人想听的东西。但帕谢奇尼克立刻给两位英国讯问者留下了积极的印象。其中一位是戴维·凯利，他是微生物学家，英国的顶级细菌武器专家，他认为帕谢奇尼克是一个细致的证人，对他知道的东西和他从别人那儿听来的东西加以谨慎的区别。凯利说，“他没有胡扯。当他不知道时，就说不知道。”
此时，中情局一直持怀疑态度的分析家道格拉斯·麦凯钦被安排辅助支持布什政府就前苏联细菌项目展开的外交周旋。20世纪90年代初，他的一个朋友，在中情局秘密部门的作业委员会工作，告诉他英国情报部门正在盘问苏联细菌项目的一个高级叛逃者。他的姓名没有讲。“我说，‘对了’，我早就知道这将成为一个大问题，”麦凯钦回忆道。他要他的班子里的一个技术专家回顾较早时对苏联项目的研究，以及卫星照片和拦截的通信记录。这个神秘叛逃者所说的几乎所有东西都可以得到独立的验证。中情局甚至派莱德伯格去伦敦盘问帕