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解税银，也间或准当地留用于军费。一六○九年，辽东税银准留充本镇饷，一六一九年，以天津、通州、江西、四川、广西一年税银尽充军费。
停遣中使——矿监税使亡故或撤回北京之后，不再派遣太监接替，其原管事宜交附近税监代管。矿监税使虽然尚未全部撤离，有此规定，即可逐渐减少。
神宗对矿税制度作了上述的改革，中使权限受到限制，有助于增加国家的税收，减轻民众的危害。但中使继续留在各地，仍可恃势虐民，依然是一大祸害。
（二）官僚倾轧与朋党之争
万历二十年（一五九二年）以来，明王朝面临边境内外的多次战争，神宗亲揽大权而又怠于听政，耽于搜括靡费，朝中阁部科道诸臣，相互结纳又相互攻讦，形成一片混战。明末有人评论说：“其始天子静摄，听臣工群类之自战而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败”（《明史纪事本末》卷六十六引明末国子祭酒倪元潞语）。臣僚互斗，胜败无准，因为他们之间多是权力之争或意气之争，进而党同伐异，结为朋党，并无多少原则性的是非可言。矿监税使之为害，曾遭到朝官们近乎一致的反对，少有争议。他们的争端，并非关系国计民生的大政，而往往是凭借细事，小题大作，以至无事生非。臣僚间相互攻击又相互报复，朝政日益陷于昏乱之中。
明太祖时即立有官员考察制度。初为三年，后改十年一考。孝宗弘治十四年（一五○一年），定为六年一考。武宗正德四年己巳年（一五○九年）起，规定巳年与亥年为考察之年。朝廷京官的考察，简称为京察，又称内计。外官考察称为外察，又称外计。朝官四品以上京察后，或升或黜，由皇帝亲自裁决。神宗怠于政事，对官员的升黜，不免为廷臣言论所左右，或者任情用事，轻易裁处。臣僚乘机构私毁誉，平时积累的恩怨都在京察中暴露出来。相互对立的官员，则在京察中，结援同党，与对手一决胜负。万历二十一年（一五九三年）癸已京察以后的四次京察，大都演为群臣的大搏斗，一批又一批的大臣被罢免，一再掀起轩然大波。
一、阁部之争与癸巳京察
明制，吏部居六部之首，掌理官员选授封勋考课，直接向皇帝负责，权位特重。内阁诸臣以尚书衔兼殿阁大学士，协理朝政，与前朝宰相的最大区别，就在于不领铨选（《万历野获编》卷七）。万历以前，阁臣兼领吏部，只是偶然出现的特例。神宗以冲年即位，张居正独揽朝政，吏部遂受命于内阁首辅。张居正死后，神宗亲政，削弱内阁，但吏部尚书杨巍遇事仍请命于阁臣。万历十八年（一五九○年）户部尚书宋壎改任吏部，遂力求摆脱内阁的控制，恢复吏部的权位。《明史·宋壎传》说他“绝请寄，奖廉抑贪，罪黠吏百余人，于执政（内阁）一无所关白。”《明史·陆光祖传》说：“时部权为内阁所夺，壎力矫之”。次年，宋壎卒于官。继任吏部尚书_陆光祖继承其志，对首辅申时行不予理会。旧例，吏部尚书与阁臣在途中相遇，不避让。以后内阁权重，吏部尚书须引避。陆光祖据理力争，遂又恢复旧例，以提高吏部的地位。万历二十年（一五九二年），原南京吏部尚书继任京师吏部。《明史·孙鑨传》说：“自宋壎及光祖为政，权始归部，至鑨，守益坚”。首辅申时行于万历十九年三月致仕，继任首辅王家屏也于一年后致仕。原以礼部右侍郎引归的张位被起用入阁。二十一年（一五九三年）正月，阁臣王锡爵归省还朝，继为首辅。内阁大学士共三人：王、张与赵志皋（万历十九年九月以礼部尚书入阁）。《明史·张位传》说：“时黜陟权尽还吏部，政府（内阁）不得侵挠，位深憾之”。张位建议把原来由吏部廷推大臣，改为九卿各举一人类奏，由皇帝裁用。得神宗诏准。内阁与吏部的权力之争，仍在继续。
这年（癸已年）三月，实行京察。例由吏部尚书孙钱主持其事。吏部考功郎中赵南星、左都御史李世达协理。这次京察，史称“秉公澄汰”，“无所徇私”。孙鑨的外甥吏部文选郎吕胤昌、赵南星的姻亲都给事中王三余，均被斥黜。阁臣赵志皋之弟也在被贬斥的官员之中。许多由阁臣任用的私人，也因不称职而被黜。前此的京察，对官员的去留，先告知阁臣，再上奏皇帝。孙鑨、赵南星等有意矫正此事，为吏部夺权，不经内阁，直接将察疏上奏神宗。首辅王锡爵原想有所庇护，察疏已上，无以为计。
明制，京察之后，言官仍可纠弹没有被察议的官员，称为“拾遗”。言官劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄，孙鑨为虞、杨说解，只黜袁黄。刑科给事中刘道隆迎合内阁，遂上疏劾奏吏部非体。孙鑨回奏说：“臣不忍以功为罪。若知其无罪，以科道之言而去之，昧心欺君，臣不能为”。神宗怒孙鑨不引罪自责，罚俸三月。内阁遂拟旨切责吏部专权结党。孙鑨愤而上疏自辩，说：“今以留二庶僚为专权，则无往非专矣。以留二京职为结党，则无往非党矣。”（《明史纪事本末》卷六十六）辞官乞休。礼部署员外郎事陈泰来上长篇奏疏，说他历官四任，目睹四次京察，都没有像今春这样“旁咨博采，覈实称情，邪陷尽屏，贪墨必汰”。他在疏中直接揭露阁部之争，说：“今除奸祛蠹之功未偿，而以怜才为过。割情捐爱之义不称而以品评为私。科臣或有独见，阁臣得无微指耶？”又说吏部权归内阁，始自高拱兼摄（代领）部事和张居正专擅国政。今借拾遗处分，“将来必挈权以阿阁臣而后为不专权，必植党以附阁臣而后为不结党”（《神宗实录》卷二五八）。神宗将陈泰来降级，发往极边。孙鑨罢免，赵南星削籍。吏科都给事中史孟麟也称病归里。礼部郎中于孔兼、主事顾允成、国子助教薛敷教等上疏申救，被指为“朋谋乱“政”，各降三级，调外任。被言官弹劾的虞淳熙、杨于庭，罢职削籍。
此次争论中，首辅王锡爵也上疏乞休，神宗手诏慰留，说：“朕因新春积火上升，两目疼痛。卿可即出，待朕火愈，召卿面商国事。”（《神宗实录》卷二五八）神宗将国事委付内阁，以王锡爵为首的阁臣在癸已京察中获得全胜，进而追究吏部官员。
吏部右侍郎赵用贤素与王锡爵不和。孙鑨罢免后数月，赵用贤也被罢免。起因只是他的女儿出生三月时曾许配吴家，其后又退婚改嫁蒋氏。这原来只是家庭细事，却成为朝臣互攻的依据。吴家控讼赵用贤“论财逐婿”。赵用贤上疏自辩。王锡爵疏议“宜听用贤引疾”，遂被免职归里。户部郎中杨应宿力诋赵用贤，仍请治罪。都御史李世达力陈赵用贤无罪，杨应宿谄谀，遭到杨应宿等的反击。癸已京察中，李世达协助孙鑨，已为阁臣所不满。至此，获准致仕，吏部行人司行人（官名）高攀龙上疏指杨应宿谄谀阁臣。杨应宿上疏反击高攀龙。高攀龙又上疏说，大臣则孙鑨、李世达、赵用贤罢去，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、于孔兼等贬斥，为（皇上）圣德累不小。神宗将杨应宿、高攀龙俱贬官外调。
次年（一五九四年）五月，王锡爵引疾致仕。廷推阁臣。吏部尚书陈有年推举被神宗罢免的前任首辅王家屏。神宗不纳，以礼部尚书、国史副总裁陈于陛与原任南京礼部尚书、国史副总裁沈一贯二人入阁。陈有年因请致仕。参预此事的吏部文选司郎中顾宪成也被削籍归里。都察院左都御史孙丕扬继任吏部尚书。
二、阁臣相攻与乙巳京察
一六○五年（万历三十三年）乙巳京察上距癸巳已十二年。中经一五九九年（万历二十七年）己亥京察，似无多争斗。乙巳京察又成为历年积怨的大爆发。
一五九四年十月，陈、沈二人入阁后，赵志皋为首辅，次为张位，合共四人。一五九六年十二月，陈于陛病死。一五九八年六月，张位落职闲住。十月，赵志皋养病家居。阁臣实际只有沈一贯一人。这种情形延续达三年之久，沈一贯独专内阁，为前此所少见。沈一贯原籍浙江鄞县，在任期间，浙江籍的官员多附丽门下，一时被指为“浙党”。一六○一年九月，赵志皋病死，沈一贯正式继任首辅，势须增选阁臣。神宗对大臣素来心存疑虑，更虑阁臣植党，因而不用在任官员，而在家居或已罢的人员中选用。河南归德人沈鲤，嘉靖时进士，神宗为太子时，曾任太子东宫讲官，即位后，为左赞善，累进礼部尚书。一五八八年，因与首辅申时行不和，被劾辞官，家居十余年，已六十一岁。被召以原官礼部尚书兼东阁大学士入阁。继沈鲤为礼部尚书的朱赓，浙江山阴人，万历初年，曾以侍读为神宗侍讲官。任礼部尚书的次年，即以母丧去官家居，也被召以故官兼东阁大学士入阁。沈鲤为人耿直，遇事秉正不挠，颇有威望，因是神宗幼时的讲官，也颇受神宗的礼重。沈一贯长期专擅朝政，得神宗倚信，深虑沈鲤入阁夺其权位，多有戒备。沈鲤以师保老臣自居，对沈一贯也不肯屈从。沈一贯在朝有浙党旧臣为依恃，沈鲤则结纳礼部侍郎郭正域、左都御史温纯等人相助。二沈之间，渐形对立。
一六○三年四月，楚王案起，两沈集团展开了公开的角斗。
楚恭王朱英俭（朱元漳第六子楚昭王朱桢之后）生前有“废疾”，隆庆五年死，宫人胡氏双生遗腹二子，华奎、华壁。万历八年（一五八○年），华奎嗣楚王位，华壁封宣化工。一六○三年六月，有楚王府宗人中尉朱华越上疏告状，说华奎本是异姓之子，不当立。华奎向沈一贯行贿，使通政使沈子木，将此疏压置，不予上奏。但不久之后，华奎劾宗人之疏奏上。神宗令“部院看议”。郭正域以侍郎署礼部事，主张“敕抚按公勘”，沈一贯提出�