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后来，燕王朱棣发动了，夺取侄子建文皇帝朱允炆皇位的＇奉天靖难＇战争。刘纯日夜督造＇军功散＇，给受伤的将士使用。＇军功散＇是刘纯的祖先——金元时期医学家刘完素、字守真、号通玄处士，人称刘河间的秘方。这是一种白色的药粉，敷在刀伤、箭伤、烧伤的创面上，能够使伤口迅速愈合。在这场战争中，朱棣曾经身负重伤，就是内服外用＇军功散＇迅速痊愈的。当时，朱棣特别高兴，就把佩剑送给刘纯；给予他先斩臣民，后奏燕王朱棣的特权。
在战争中，燕王妃徐仪华的策反工作，起了很大作用。但是在战事最吃紧的1400年，徐仪华得了乳岩…——现代称之乳腺癌。于是刘纯就使用沙鱼胆给她治疗。这也是他的祖先刘完素向东海渔民学习，用来治疗乳腺癌的方法，尽管口服沙鱼胆的付作用很大，徐仪华出现了严重的胃肠道反应，但是她的病情还是得到了长期缓解。因此朱棣和徐仪华很感谢刘纯，并且和刘纯结成了儿女亲家。但是七年之后的1407年，尽管燕王妃徐仪华已经当了永乐皇后，最终还是死于乳岩流注，也就是现在说的乳腺癌全身转移，享年只有46岁。
尽管刘纯知道永乐皇后徐仪华必死无疑，但是亲眼看着她咽了气，看着永乐皇帝朱棣悲痛欲绝的样子，刘纯十分惶恐；因为他知道按照皇家的规矩，皇帝盛怒之下，主治太医是要被追究责任的；轻者要被赶出太医院，或者被流放辽东；重者要被锦衣卫逮捕拿问。
在中国历史上，明朝的法律是最严厉的，因此明朝的罪犯是历史上最多的。判刑的依据是＇大明律＇，解释＇大明律＇的是＇大诰＇。＇大诰＇是一万多个犯罪案例，包括贪污、逃税、谋反、不孝、……，涉及各个方面。每家必需买一本阅读。如果家里没有＇大诰＇，则全家被判流放。关押犯人的监狱有四种：
①地方监狱关押刑事犯罪人，叫作刑部监狱，以及府县监狱。
②军事监狱关押军事犯罪人，叫作各＇卫＇的镇抚司监狱。
③检察院监狱关押官员犯罪人，叫作都察院监。
④特务组织监狱关押政治犯罪人，叫作锦衣卫的诏狱，以及太监的东厂、西厂、内行厂。为什么有锦衣卫和太监，分别管理的两种监狱呢？这是皇帝让这两个组织互相监视，互相揭发，互相斗争。
什么叫锦衣卫呢？明朝武装部队的基本编制单位叫＇卫＇，规模类似现代的独立师。＇卫＇的下面是＇所＇，＇所＇的下面是＇旗＇。明朝设立有329个＇卫＇，分布在全国各地。人们常把天津市说成天津卫，就是因为明朝曾经在天津设立了天津卫、天津左卫、天津右卫等三个＇卫＇。朱元璋当了皇帝之后，全国人口只有6054万，而军队将士却有180万；这就是说，明朝是个军事国家。明朝是中国历史上最黑暗的统治时期。这是因为在中国历史上，有许多次破产农民的起义，但是只有破产农民朱元璋取得了成功。因此为了保护得之不易的胜利果实，开国皇帝朱元璋实行了武装特务统治，把不同政见者都划分为敌人，一律给予严厉镇压。
锦衣卫就是1382年，由朱元璋设置的武装特务组织。锦衣卫由皇帝亲自指挥，编制应当是5600个官兵。但是锦衣卫官兵最多的时候达到十几万个。锦衣卫只对皇帝负责。职位分为九级：指挥使（师长），指挥同知（付师长），指挥佥事（参谋），千户（团长），百户（连长）总旗（排长），小旗（班长），校尉（上等兵），番子（列兵）。锦衣卫除了担任皇帝的带刀侍卫之外，还从事侦察、缉捕、审讯、监押、廷仗、杀头等活动。锦衣卫的官服十分华丽，腰里带着腰牌；武器也是多样化的。有些番子可以穿着便衣秘密行动；可以到官员家中当仆人；可以当官员的下属；可以在公共场所，发泄对于皇帝的不满；当然这一切都是为了搜集情报。
锦衣卫的衙门叫镇抚司。锦衣卫用升官发财的办法鼓励举报人；因此，儿女向镇抚司举报父母，仆人向镇抚司举报主人，部下向镇抚司举报长官，比比皆是。而且任何举报都是成功的。因为锦衣卫的番子把嫌疑人抓进镇抚司；严刑之下，嫌疑人只好按照番子的意图违心招供。锦衣卫的镇抚司，是个不讲＇大明律＇的地方，许多所谓的政治犯被施以断脊、刺心、剁指、灌鼻、钉指、炮烙、廷棍、以及剥皮等惨无人寰的酷刑。锦衣卫的番子也知道嫌疑人是冤枉的，可是为了升官发财，谁也不愿意主持公道；而且谁也不敢主持公道，因为番子之间也是互相举报。这种不需要调查取证，完全依靠严刑逼供而定罪；这种宁可错杀一千，不可放过一个的特务统治；使得上自内阁大臣，下至黎民百姓，人人自危。因此人和人之间，不敢多交往，也不敢多说话；即便是自言自语，也要小心隔墙有耳。因此尽管是皇亲国戚，刘纯也是十分小心。
锦衣卫关押政治犯的地方叫诏狱。诏狱是个人间地狱。被关押者是什么罪名呢？只是被皇帝怀疑不忠！南京的诏狱可以关押5000多个政治犯。在永乐皇帝朱棣迁都北京之前，南京诏狱关押的是不忠的官员和他们的家属。1421年迁都北京之后，北京的诏狱就成为关押不忠的官员和家属的主要地方。而留都南京的诏狱，就变成了农民起义军的战俘集中营。这些政治犯属于终身监禁，即便是皇帝大赦天下，也不会被释放。也就是说，政治犯要在狭窄的冬冷夏热的小屋中，吃着猪狗的食物，坐以待毙。因此，政治犯进了诏狱，就意味着死亡。
可是乳岩不是容易治疗的疾病，刘纯能够让永乐皇后徐仪华生存七年已经是十分困难了。尤其是徐仪华的最近一年，增添了阴道出血的症状，不吃不喝，十分憔悴。他曾经召集太医院的许多太医想办法，甚至贴出皇榜悬赏民间偏方，还是不能让徐仪华的胃口大开，甚至连沙鱼胆也不能吃了；他曾经告诉永乐皇帝朱棣，已经无药可救了。可是朱棣还是让他想办法；徐仪华也经常说：“你放开胆子治，别怕人家说三道四的！”
然而永乐皇后徐仪华死了。刘纯仿佛看见了徐仪华失望的眼睛，仿佛看见了永乐皇帝朱棣翻脸无情的样子，仿佛看见了自己离开太医院的尴尬场面，仿佛看见了自己在诏狱中被番子们毒打。难道堂堂正正的刘完素的九世孙，就如此了结一生吗？要知道，徐仪华是自己的表姐，是儿子的岳母，是孙子的外祖母；自己能不尽力吗？真是欺人太甚！他不由自主地站起来，猛然抓住了腰中的佩剑；但是他下意识地看了看周围的仆人；这些仆人貌似忠厚，但是谁也不知道，其中谁是锦衣卫的番子；他只好又颓然坐下。44岁的壮年人，一下子变得很苍老。
古代医生把人治死了，家属要与医生辩理。太医把皇族治死了，要接受各种各样的处分。即便是身为皇亲国戚的刘纯，把皇后治死了，也被调出太医院，去诏狱做试验。现在美国医生把人治死了，要向官方写死亡病例报告；官方还要做尸体解剖。因此，医生一脚踩在医院，一脚踩在法院。如果没有金钢钻儿，你就别揽瓷器活。但是中国大陆的医生把人治死了，却心安理得；这是非常奇怪的。
过了十几天，圣旨终于到了。听了太监的宣读，跪听的刘纯惊呆了；直至儿子们提醒他，他才接旨谢恩。真是皇恩浩荡，永乐皇帝朱棣不但不怪罪他，反而根据永乐皇后徐仪华的遗愿，下旨命令刘纯，在南京的诏狱中，使用前朝官员和家属，以及其它犯人进行试验；主要目的，就是研究乳岩的防治问题。让刘纯感动的是，朱棣还说所需费用和医官，均由太医院配给。还让刘纯感动的是，朱棣还说要他兼任锦衣卫指挥同知。更让刘纯感动的是，朱棣说这个试验的开始和结束日期，让他自己决定。刘纯一下子感觉朱棣，好像还是当初的燕王，能够跟他称兄道弟。多少年来，虽说表姐夫朱棣当了皇帝之后，以赞襄军功封他为世袭安亭侯，两家又成了亲家；可是他见了朱棣，总有一种伴君如伴虎的感觉。
不过兴奋之余，他也隐约觉察出，这道圣旨是含糊不清的。这个太医院的院使还当不当呢？看来永乐皇帝朱棣是让他自己提出辞职！因为让他去搞试验，就意味着离开了太医院；离开了太医院，怎么能够领导太医呢？看来这是一种体面的处分。因为任何一个太医把皇族治死了，要首先被太医院的院使给予处分；然后才是听候皇帝的处分。这是朝廷的规矩。刘纯就是太医院的院使，自然要接受皇帝的处分。转念一想，离开太医院不是一件坏事，因为许多病不好治；而且太医们勾心斗角，把人治好了都去争功，治不好就互相看热闹。现在不是吗，有的太医总是打听皇帝的意图，巴不得让自己的长官刘纯受处分。可是这个乳岩到底应当怎么治，太医们谁也不敢插嘴。看来搞点试验还是应该的。想到这里，他又觉得朱棣很英明。不是吗，自己也怀疑沙鱼胆治疗乳岩的疗效；而且为什么要发生乳岩呢？乳岩为什么要发生流注呢？乳岩为什么要死人呢？还有其它一些问题也是相当糊涂的。因此搞试验是非常必要的。
刘纯写了谢恩折子，就把太医们找来商量。怎样搞这些试验呢？当然，大家都说皇帝的决定是圣明的，可是从哪里入手呢？太医们当场写了几百个问题，看来热情很高；但是谁来参加这个试验呢？太医们个个摇脑袋。刘纯很生气，不过他理解太医们的心情，拿犯人做试验，毕竟不是一件光彩的事；还是要有一个正大光明的名义！于是他又给永乐皇帝朱棣写折子，要求成立一个对外号称编修大明医典的机构。折子很快就批下来了，朱棣照准，并且免去了他的太医院院使，改任大明医典编修使，还是正二品官员。可是太医院还是不调派医官。怎么办呢？他决定找好朋友道衍和尚想想办法。
道衍和尚也是永乐皇帝朱棣的好朋友，已经�