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业外支出（固定资产清理费用等）。企业应根据新修改的申报表销售（营业）成本附表的具体要求，正确申报销售（营业）成本。
销售（营业）成本＝销售商品（产品）成本＋提供劳务的工营业成本＋销售材料（下脚料、废料、废旧物资）的成本＋转让固定资产的成本＋转让无形资产的成本
其中：
（1）工业制造业的销售商品（产品）成本＝可供销售的产品成品存货－产成品年底存货
可供销售的产成品存货＝全年产成品成本＋产成品年初存货
全年产成品成本＝全年在产品成本合计－在产品年底存货
全年在产品成本＝全年制造成本合计＋在产品年初存货
全年制造成本合计＝直接材料＋直接人工＋制造费用
直接材料＝年初发存货＋本年采购－年底存货
（2）商品销售业的销售商品成本＝可供销售的商品成本－期末存货成本
可供销售的商品成本＝期初存货＋本期进货成本
本期进货成本＝商品成本＋运输及相关成本
（3）服务业的营业成本＝人工成本＋其他服务费用
（4）其他行业参照以上公式确定。
（5）企业按上述公式计算可申报扣除的销售（营业）成本时，应注意将中途销售或改变用途用于在建工程、管理部门、非生产性机构、捐赠、赞助、集资、广告、职工福利奖励、对投资者分配等的材料、在产品、产成品、从其制造、销售成本中剔除，以保证上述公式的平衡。
为准确计算销售（营业）成本，企业应将全部制造成本在在产品和产成品之间进行合理分配。企业的产品制造成本可采用简单法《品种法》，分批法（定单法）或分步法等方法进行计算。如果企业从事的是单步骤的简单生产，产品单一，没有在产品，可采用简单法按产品品种归集计算产品制造成本；如果纳税人从事的是单件、小批的复杂生产，可采用分批法按批计算产品制造成本；如果企业从事的是连续式大批复杂生产，应采用分步法分产品、按步骤算各步骤的在产品和产成品的成本。
2、间接成本的分配
在计算确定销售（营业）成本的过程中，一个重要的问题是如何合理分配间接成本。过去，我们对这一问题没有给予足够的重视，间接成本的人配完全由企业会计人员确定，会计实务中虽然有一些习惯做法，但分配的合理性与否并没有约束性的规定。这很容易使企业在不同纳税期间或不同产品、应税项目和非应税项目之间调剂利润，避税。 《办法》对间接成本明确规定了合理分配的原则要求。
对多部门为同一成本对象提供服务的共同成本的分配，一般应以共同成本与成本对象的因果关系为基础；如果共同成本与成本对象之间的关系不只一种，可采用双重或多重基础分配；在一般分配基础无法反映其间的因果关系时，也可采取某些复杂性指标。如果无法确定共同成本与成本对象之间的关系。纳税人确定的最合理的分配基础应保留详细资料，以备税务机关审查。
对于同一种投入可以制造两种或两种以上产品的联合成本的分配，应反映投入成本与产出经济效益之间的关系。如果联产品在联合生产结束时的分离点上可以出售，则可以售价或市价来进行分配；如果联产品必须经过进一步加工者能出售，则可以再加工后的售价减加工成本，得到推定的净变现价值后进行分配；如果联产品价格起仗不定，从分离点到可出售点之间需要大量加工，或者在成本加在合同下无法事先得知成本的情况下，可以用联产品在体积、重量等方面的实际数量分配联合成本，但前提是联产品的实际数量应能够反映其经济价值；如果联产品中有不重要的副产品，可将全部联合成本分配给主产品。
3、存货成本的确定
准确确定存货成本是正确申报销售（营业）成本的另一重要问题。在条例的基础上，《办法》对存货计价方法提出了进一步的管理要求。特别是对后进先出法的使用进一步增加了限制条件。
这样规定主要是基于以下三点理由：
（1）、目前世界范围内出现了通货紧缩的趋势。
（2）、后进先出法用于消除通货膨胀并不是一种理想的方法，因为随着企业连续经营，存货不断流转，昔日购进的存货的成本可能要等到若干年后者能结转销售，而几十年、甚至上百年后，这些存货价值早已面目全非，这种情况非常不利于存货的管理。
（3）、即使象香港这样自由的地区对后进先出法的运用也有所限制，发达国家在税收乃会计上限制后进先出法的也很多。
企业期末存货资产数量的确定可以采取实地盘存制和永续盘存制。采用实地盘存制的企业必须在主管税务机关确定的预缴期末对存货进行实地盘点。采用永续盘存制的企业每一纳税年度年终至少要对全部存货进行一次盘点。已实现会计电算化的企业原则上应采用永续盘存制度。
《办法》规定企业的成本计算方法、间接成本的分配方法、存货计价方法的改变等，必须报主管税务机关批准，否则对应纳税所得额造成影响的，税务机关有权调整。这样规定主要是防止纳税人利用会计方法的变化在不同纳税期间或不同产品之间调剂应纳税所得的水平。需要注意的是，要防止这一权限的滥用。只要纳税人从经营管理、财务核算方面能举出适当的理由，主管税务机关一般不应该限制企业成本核算方法等的改变。因此，这一条款更多的是备案和预防性质。
四、期间费用的确定
《办法》对期间费用的规范基本上是对不同行业财务制度的提炼，并无十分严格的限制性规定。只要是符合总则原则规定的与取得的总收入有关的支出，凡没有计入成本，没有资本化的支出，都应计入期间费用。需要注意的是，不能在销售（营业）成本与期间费用之间重复扣除。
1、销售费用；销售费用是指由纳税人负担的为销售商品而发生的费用，包括广告费、运输费、装卸费、展览会、保险费、销售佣金（能直接认定的进口佣金调整商品进价成本）、代销手续费、经营性租赁费及销售部门发生的差旅费、工资、福利等费用。
从事商品流通业务的纳税人购入存货抵达仓库前发生的包装费、运杂费、运输存储过程中的保险费、装卸费，运输途中的合理损耗和入库前的挑选整理费用等购货费用可直接计入销售费用。纳税人根据会计核算的需要已将上述购货费用计入存货成本的，不得再以销售费用的名义重复申报扣除。
从事房地产开发业的纳税人的销售费用还包括开发产品销售之前的改装修复费、看护费、采暖费等。
从事邮电等其他业务的纳税人发生的销售费用已计入营运成本的，不得再计入销售费用重复扣除。
2、管理费用；管理费用是纳税人的管理部门为管理组织经营活动提供各项支援性服务而发生的费用。管理费用包括由纳税人统一负担的各部（公司）经费、研究开发费（技术开发费）、社会保障性缴款、劳动保护费、业务招待费、工会经费、职工教育经费、股东大会或董事会费、开办费摊销、无形资产摊销（含土地使用费、土地损失补偿费）、矿产资源补偿费、坏账损失、印花税等税金、消防费、排污费、绿化费、外事费和法律、财务、资料处理及会计事务方机的成本（咨询费、诉讼费、聘请中介机构费、商标注册费等），以及向总机构（指同一法人的总公司性质的总机构）支付的与本身营利活动有关的合理的管理费等。除经国家税务总局或其授权的税务机关批准外，纳税人不得列支向其关联企业支付的管理费。
3、总部经费；又称公司经费，包括总部行政管理人员的工资薪金、福利费、差旅费、办公费、折旧费、修理费、物料消耗、低值易耗品摊销等。
4、财务费用；财务费用是纳税人筹集经营性资金而发生的费用，包括利息净支出、汇兑净损失、金融机构手续费以及其他非资本化支出。
五、工资薪金支出的扣除
《办法》第3章的规定主要是拓宽了工资薪金支出的范围。目前，我们掌握的“工资总额“的概念和口径是1989年国家统计局第1号令《关于职工工资总额组成的规定》。企业实际发生的劳动成本中，许多奖金、津贴和补贴并没有统计在工资总额中，造成劳动成本统计的不准确。为区别于传统的工资总额概念，《办法》采用“工资薪金支出“的新概念来概括企业的劳动成本。
工资薪金支出的构成《关于职工工资总额组成的规定》将企业工资总额分为六个部分：
1、计时工资；指按计时工资标准（包括地区生活补贴）和工作时间支付给职工的劳动报酬。主要包括：对已做工作按计时标准支付的工资；实行结构工资制的单位支付给职工的基础工资和职位（岗位）工资；新参加工作职工的见习工资（学徒生活费）等。
2、计件工资；指对已做工作按计件单价支付的劳动报酬。主要包括：实行超额累计进计件、直接无限计件、限额计件、定额计件等工资制，按劳动部门或主管部门批准的定额和计件单价支付的工资；按工作任务包干方法支付的工资。
3、奖金；指支付给职工的超额劳动报酬和增收节支的劳动报酬。如生产奖，包括超产奖、质量奖、安全奖、考核各项经济指标的综合奖、提前竣工奖、外轮速遣奖、年终奖、劳动分红等；劳动竞赛奖，包括发给劳动模范、先进个人的各种奖金和实物奖励等。
4、津贴和补贴；指为了补偿职工特殊或额外的劳动消耗和因其他特殊原因支付给职工的津贴，以及为了保证职工工资水平不受物价影响