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但是，人们如何进行研究呢？学者们是应该不加选择地简单收集大量的新事实呢，还是应该对一种新自然哲学有一种新的计划和分析方法呢？哈维给亚里士多德的《后天分析》（Posterior Analytics）作了摘要，将它作为该书的阅读指南，并为此而感到欣慰，但其他许多人对此却并不赞同。有三个人的研究工作也许可以反映这一时期实际提出的思想范围——培根与笛卡尔，他们公开寻求一种“新哲学”；还有伽利略，他的方法论通过实例得到了最好的展示。
弗兰西斯·培根
弗兰西斯·培根的著作长期吸引着历史学家们的兴趣。作为英国的大法官，他在1623年被发现有受贿行为之前一直是詹姆士一世议会纲领的主要政治设计师。他因为其《论说文集》（Essays）和历史剧而一直受到文学评论家的高度敬重，但他主要致力于自然知识的革新。的确，他未完成的《伟大的复兴》（Great lnstauration）在该世纪下半叶产生了非常重要的影响，以至于人们可以有把握地认为在当时刚出现的科学学会和科学院中进行的许多工作都受到了“培根”的启示。
然而，虽然培根多年来一直被认为是科学中归纳方法的卓越领袖，但最近的研究表明，他还深深受惠于一些出人意外的来源。培根仔细研读过自然法术和炼金术文献，并为这些学科的传统保密习惯而痛惜。他认为，一个真正的法术师应该将自己的各种发现公之于众。但他接着又说，自然法术并非无用。的确，正是“科学将隐匿形式的知识应用于各种神奇的活动中，并通过将主动积极之物和被动消极之物统一起来（就像他们所说的）展示大自然的神奇之作”。这与约翰·狄或帕拉塞尔苏斯是何其相似！
此外，在寻求亚当所知的原初知识并使其有可能得以恢复方面，培根与同时代的许多炼金术士和赫尔墨斯派学者意见一致。由于这个缘故，他仔细研究了古代神话，并在其中发现了与最早期人类传说的一种联系。因此，他根据德谟克利特的原子论，以寓言的方式诠释了萨杜恩（Saturn）①的故事，并用俄耳甫斯（Orpheus）对欧律狄克（Eurydice）命定的寻求②，来象征那些在寻求知识时放弃实验的人无能为力的急迫情形。并且，经他处理后，丘比特（Cupid）①的神话（物质）成了对前苏格拉底（Pre…Socratics）元素体系的一种分析。
①罗马神话中的农神，相当于希腊神话中的克罗诺斯（Cronus）。——译注
②俄耳甫斯是希腊神话中色雷斯的诗人和歌手，善弹竖琴。他的琴声可使猛兽俯首、顽石点头。曾随伊阿宋航海去觅取金羊毛，一路上他曾借助音乐战胜了不少困难。妻子欧律狄克在新婚之夜被蟒蛇杀死后，他追到阴间，以琴声打动冥王。冥王准许欧律狄克回生，但条件是俄耳甫斯在引其返回阳世的路上不得回头看她。俄耳甫斯未能做到，结果她仍然被抓回阴间。——译注
①罗马神话中的爱神，希腊神话中称厄洛斯（Eros）。——译注
培根对亚当智慧的相信与同样可识别的帕拉塞尔苏斯派特征——对亚里士多德全盘否定——相关。他确信一个新的历史时代即将来到，并抨击了学术界知识的贫乏，指责他们只关心保持那些已被确认的原著，而不关心对机械技艺方面所取得的令人赞不绝口的进步所急需的探求。亚里士多德理应受到指责是因为他抨击和拒斥那些更早期的哲学家的研究，从而打断了与人类必需的原初知识的最后联系。而且，他使科学服从逻辑，而进行实验只是为了证明事先认定的结论。最后，他的哲学被结合进了宗教，从而用于支持罗马教会。令人很难相信的是，此人的研究成果仍然那么有价值，而且自他所处的时代以来，几乎没有什么新发现。
我们要做些什么呢？第一步就是抛弃积累起来的古希腊文献及其最近的各种评注，或者至少是开始对这些著作进行考察而不带有学术界常常表现出来的盲目崇拜。然后，学者们必须开始对各种事实、观察和实验建立新的记载。在做这一切时必须十分小心，因为只有在这项工作完成之后，才有可能比较容易地将真正的理论和自然规律分开。
但是，这项工作必须要遵循一个明确的计划。在培根看来，纯粹的经验主义者就像蚂蚁，他们只知道累积大量收集来的事实。哲学家也不会更好，培根把他们比作蜘蛛，他们用逻辑以自己为中心向外织成复杂的网。他解释说，将真正的科学家比作蜜蜂最恰当不过了，他们从花中吸取物质，然后把它酿造成对大家有用的蜂蜜。培根的新哲学是实验性的，但是他的实验要经过谨慎的选择且始终都要进行详细的记录。他列出多个重要题目和步骤以供检验，并强调需要大量资料以供仔细分类。对于每一个实验来说，将有一连串肯定的例子（该现象存在），一连串否定的例子（该现象不存在），以及一连串比较等级（该现象因其他因素不同而不同）。培根认为，从以上列出的这些最初的题目和步骤开始，通过排除不可能的假设，然后继续检验其他假设，就可以获得知识。
培根的科学方法观在本质上完全是实验的、定性的和归纳的。他像帕拉塞尔苏斯派学者一样不相信数学。虽然他曾声言，把数学运用于物理学是进行自然探索的最佳方式，但他也抱怨这种运用可能有些过度，而且实际上，他感到数学家们正在开始——不恰当地——统治这一领域。
培根在《学术的进展》（The Advancement of Learning，1605年）一书中预告了他所规划的著作，这部著作将归入他的“学术的伟大复兴”计划（Great Instauration of Learning）中，它包括总体介绍，科学方法的详细分析＇《新工具》（Novum Organum，1620年）和有关技艺知识和实验资料的规模宏大的百科全书，他估计这部百科全书的篇幅是普林尼自然史的6倍。该著作的最后几个部分将包括对古今科学理论的讨论，还有对从积累的材料中兴起的新自然哲学的讨论。
不用说，对于培根——或者任何其他人——来说，整个计划都过于庞大而难以完成。尽管他已经完成了《学术的进展》和《新工具》，但其他许多部分均未曾尝试——或者充其量只在一些序言性材料或其他简短的篇章中得到了些许反映。然而，对以大量事实为基础而兴起的科学的梦想，却鼓舞了17世纪的许多作者，他们把培根视为自己的向导。在许多“培根派学者”看来，培根的遗作《林中林》（Sylva sylvarum，1627年）是他最伟大的遗产。人们在此将发现大量按“世纪”排列的事实，这些事实将个人观察材料和其他各种来源的注释混合在一起。其结果是令人奇怪地联想起自然法术传统中的一部文艺复兴时期的“秘典”。没有其他著作如此清晰地表明培根方法完全行不通的实质。然而在17世纪，这部书的英文版至少出版了15次，并使不止一个像罗伯特·波义耳这样的作者试图续写下去。
人们会说，培根的新科学思想太不重视数学而过于重视实验。他本人似乎不能对他所处时代的科学作出正确评价。尽管他常常提及伽利略在《星际使者》中的各种发现，但他还是怀疑显微镜和望远镜的价值。他批评威廉·吉尔伯特试图根据一个简单现象来建构整个哲学，他也不能接受哥白尼体系，因为他没有发现地球周日旋转的确实证据。而且，尽管培根常常抨击帕拉塞尔苏斯的著作，但他本人在试图建构宇宙论时却依重于当时的化学理论。因此，他根据硫一汞理论来诠释天空，并将恒星的运动与天火的性质联系起来。然而，如果根据培根所处世界的整个知识范围去看待他的科学方法，我们就会发现，他不仅受到人们对各门学科中经院方法的广泛不满的影响，而且特别受到自然法术、炼金术和帕拉塞尔苏斯派化学论哲学的影响。
勒内·笛卡尔
笛卡尔的影响几乎不亚于培根。在此我们再次遇到了建立一门新的、普遍的哲学来取代古人哲学的企图。笛卡尔曾受教于一所新建的耶稣会会士学院，他后来说，他“发现自己受到如此多的怀疑和错误的困扰，以至于在自己看来，那些使自己接受教育的努力除了增加无知外似乎没有什么效果”。他接着又说，也许科学的整个主体并不需要改造，“但是，就迄今为止我所接受的所有观点而言，我认为，我所能做的工作莫过于永远将这些观点清除出去，以便今后它们能被取代……”
1618年，笛卡尔离开法国到拿骚的莫里斯亲王（Prince Maurice of Nassau）军事学院入伍任军官。第二年他来到德国，在1619年11月10日的沉思中，他梦见了一种普遍的自然科学，它的关键是数学和数学方法。这个说法使人联想到在当时的炼金术文献中非常著名的各种梦。事实上，我们确实知道，笛卡尔当时已经知晓那些以“玫瑰十字会会员”（Rosicmcians）为笔名写作的新帕拉塞尔苏斯派作者提出的教育改革与科学改革。而且，笛卡尔在1623年回到巴黎时，他发现朋友们担心他在离开故乡期间已经成了一名玫瑰十字会会