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的对巴黎的“天罚”（1623），以及同年在巴黎导致了一系列逮捕及巴黎大学神学家之谴责的广为人知的炼金术论战，这一切都对这种新的惊恐状态的形成起到了作用。、
在重新考察化学论哲学家主张的首批法国学者中有马林·梅森纳。在《科学的真理》（1625年）一书中，他认为，只有在自然的数学诠释克服了化学论者的主张时，真正的自然科学才能得到发展。他通过一位炼金术士、一位怀疑论者和一位“基督教哲学家”对话的形式，比较详细地讨论了这些主张。对于炼金术士来说，没有哪一门科学比他的科学更确定，因为炼金术是通过经验传授的。在他看来，似乎一点也不用怀疑，亚里士多德的著作——被公认充满了危险的神学观点——已经被化学论者更合理的观察研究所取代。
梅森纳坚决反对炼金术士的观点。“基督教哲学家”认为，巴黎大学神学院最近的指责是公正的。这些学识渊博的神学家曾对炼金术论题的神学含义提出过恰当的质疑。其中，他注意到了炼金术对原子论的支持，梅森纳早在当时就把它视为一种很容易就可推翻的主张。至于炼金术士们极力自我吹嘘的以“观察”为基础的元素和要素体系，梅森纳回答说，帕拉塞尔苏斯派的要素可能已经被人为地分解了。要真是这样，这些要素就不必再被看成是基本的了。
然而，梅森纳继续说道，如果炼金术可能只是在某些方面有错误，那就不应该全部抛弃它。更确切地说，必须寻找某种控制方法来避免炼金术士们过去过于频繁地跌入其中的危险陷阱。梅森纳建议，在每一个王国中都要建立一些把增进人类健康作为其目标的炼金术研究院。这些研究院，不但要通过惩罚江湖骗子，而且要通过积极从事科学改革来整治该领域。那些寓言式的神秘的术语必须抛弃，并用建立在实验室进行的化学实验基础上的清楚明白的术语来取而代之。
对于梅森纳来说，一种经过改革的炼金术将完全避开宗教、哲学和神学问题。在他看来，这门学科是作为一些人反教会之用的。这些人认为，最古老的神学、法术与异教寓言通过这门学科得到了最好的解释。实际上，很多人都坚持对创世作化学诠释。如果这门学科得到天主教会的认可，那么这些梦想和推测就必须立即抛弃。
梅森纳在其著作中提到许多化学家，他认为这些化学家的出版物是危险的，其中突出的一个人就是罗伯特·弗拉德。梅森纳将他视为那种最糟糕的异教徒和术士。深受伤害的弗拉德在两部重申其化学论哲学主张的著作中对这位法国修道士作了回击。他在这里再次描述了大宇宙与小宇宙的类比、两个世界的和谐、生命精气的意义及其通过动脉系统的散播。弗拉德坚决主张，真正的炼金术的目标，就是建立一门全面的化学论哲学并以此作为诠释人类和宇宙的基础。
很清楚，弗拉德所理解的这种炼金术正好是梅森纳觉得要反对的。弗拉德尤其被梅森纳关于炼金术士应该将自己从宗教事务中分离出来的警告搞得心烦意乱。正相反，他认为化学家和神学家有一个共同的主题，也就是“我们当做玄妙化学”的实用神学那一部分。在这里，自然和超自然很清楚地联系在一起——化学正是开启两者的钥匙。
1628年年底，梅森纳把一本弗拉德的著作选集送给其友人皮埃尔·伽桑狄以求帮助。伽桑狄用了不到两个月的时间完成了他的评论。不出所料，伽桑狄反对弗拉德对基本要素和化学创世的诠释。当面对弗拉德反对哥白尼和吉尔伯特时，伽桑狄只能断定，“比起我们通常的理解，弗拉德所理解的是另外一个有规律运行的地球和位于中心的太阳”。在讨论弗拉德提出的真假炼金术的区别时，伽桑狄不满意于这样一种解释，即总是“把炼金术当成唯一的宗教、把炼金术士当成唯一的教徒、把炼金术入门指导当成唯一的教理问答手册”。
除了回忆伽桑狄在其回答过程中曾经描述并反对哈维的血液循环观点——而正是此事导致弗拉德为其朋友进行辩护——之外，我们不必更加详细地追溯这场论战。弗拉德在1633年对伽桑狄的回答，使得梅森纳对弗拉德和化学论哲学的怀疑作出了更多的努力。梅森纳的信件——一直持续到1637年弗拉德去世后很久——表明了他不懈地致力于取得欧洲学者的支持去反对与他自己相对立的弗拉德的“新哲学”之梦。
让·巴普蒂斯特·范·赫尔蒙特的新哲学
在寻求反对罗伯特·弗拉德的支持者中，梅森纳曾写信给许多欧洲学者。让·巴普蒂斯特·范·赫尔蒙特就是其中之一，后者与这位法国学者一直保持着通信联系。在最早的一封信中，范·赫尔蒙特对伽桑狄当时刚给弗拉德的答复是否有价值的询问作了回答。这位比利时医生兼化学家直截了当地回答说，弗拉德是一个知识贫乏的医生和比较糟糕的炼金术士——伽桑狄不应该在这个浅薄学者身上浪费时间。这一评价极为有趣，因为范·赫尔蒙特的许多著作都以梅森纳曾经指责的概念和态度为其特色。然而，范·赫尔蒙特的著作在当时似乎已显得非常独特，而可成为17世纪医学化学新学派的基础。
范·赫尔蒙特探求真理是一种强烈的个人行为。这曾使他拒绝了鲁汶大学的硕士学位，因为他觉得在那儿什么也没有学到。此后，他又拒绝了贵族们的雇用，而宁愿在家里致力于自己的研究。由于对个人名誉几乎不感兴趣，直到1621年他被一个耶稣会会士引入一场关于武器药膏的论战时，他才发表作品。对造成伤害的武器加以处理就可以治愈受伤者，这一信念在17世纪曾广泛传播，它依据的是认为自然界中存在普遍的互感作用的概念。
范·赫尔蒙特关于这一主题的小册子抨击了所有参与论战的人。他不否认它有治疗的功效，但他坚决把那些用超自然的术语进行描述的人排斥在外。由于主张这是一种纯粹的自然现象，范·赫尔蒙特继续说道：“自然……并不要求神学家作为她的诠释者，而只希望医生做她的子民。”事实上，人们也许认为，是伽利略而不是范·赫尔蒙特告诫其耶稣会对手：“让神学家去了解上帝，而博物学家关心的是自然。”
武器药膏可以通过对较大和较小世界相和谐的恰当理解进行解释，在这两个世界里，“一切特殊事情都在其中包含了对整个宇宙的描述”。至于帕拉塞尔苏斯，他的著作将得到赞扬，他的三要素将被毫无保留地接受。法术是“关于事物的最渊博的先天知识”，无论是用于善或恶，其基础都保持不变。而且，当人们恰当地理解自然界的互感作用时，就会渐渐明白圣物的作用与富有魅力的武器药膏本身几乎没有什么不同。范·赫尔蒙特作为一名自我标榜的罗马天主教徒，在这一点上表达了一种具有潜在危险性的看法。
这个小册子的出版几乎恰逢其时。范·赫尔蒙特对一个著名的耶稣会会士的抨击和对法术与帕拉塞尔苏斯的捍卫，加上他对圣物神奇力量的诠释，不可能不引入关注。1623年，他被鲁汶大学医学院告发，紧接着又被西班牙宗教法庭传唤。他著作中的许多主张被宣布为异端邪说，他本人被关进了监狱，后来又受到软禁。没有教会的允许，他不得出版任何作品，甚至在他1636年获释之后，教会的诉讼还一直延续着，几乎直到他1644年去世。
范·赫尔蒙特给他儿子留下大量手稿以期最终能出版。其全集《医学起源》（Ortus medicinae）在他去世4年后问世，到1707年，该书以5种语言印刷了12次。在这部影响极大的著作中，我们再次看到了对改革的强烈要求。必须“摧毁古人的全部自然哲学并使自然哲学界的学说得到更新”。范。赫尔蒙特把古代科学和医学描述成是“数学的”和逻辑的，他认为，这必须由对自然真正的观察研究所取代。古人对运动的研究也并不比这更好。亚里士多德派的位置运动使人们相信存在一个固定不变的原动力。范·赫尔蒙特反对此说，因为基督教的教义不允许对造物主有这样的限制。实际上，运动是生命中固有的，它被造物主注入到最初的种子里。如果数学抽象能够导致这样一个错误结论，那么就可以很容易地看到，亚里士多德派对自然的描述和诠释，
“是一种从数学科学中抽取出来的异教徒学说，这种数学科学使第一原动力自身必须永恒不变并永不停止地推动着万物……因此，要让学术界知道，数学规则或者通过论证得到的学问与自然并不相符合。 因为人并不量度自然，而是自然量度人。”
显然，范·赫尔蒙特所构想的新哲学反对任何主要通过数学来诠释的自然概念。
可以看出，范·赫尔蒙特的著作贯穿着自然和宗教的紧密联系。我们再次被告知要首先看一看《创世纪》中对创世的描述。如同弗拉德所说，这表现了创世的秩序和真正的元素。在这里没有提到火，而土被看成是水的产物。至于帕拉塞尔苏斯派的要素，它们都是有用的，因为它们是从诸多物质中蒸馏得来的。但更加成熟的范·赫尔蒙特不再认为它们是自然界中真正的元素。开启自然的钥匙将在新的观察中发现，正是化学给我们提供了寻求真理的最大机会（图7．1）。与此相关的是，对定量的认识——这里是按照实验室的重量和测量而不是数学抽象进行理解的——极有可能提供新的视野。范·赫尔蒙特通过称量一棵柳树在不同生长阶段的重量试图论证水的基本性质。他感兴趣的还有测定金属的比重以及比较相同体积尿液的重量并以此来了解疾病。他寻求更精确地测定温度的标度，而且他的研究使他坚持物质不灭和化学变化中的重量守恒。
作为一个彻底的生机论者，范·赫尔蒙特继续发展了�