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1946年4月29日，远东国际军事法庭对东条英机等28名甲级战犯正式起诉。法庭设在原日本陆军省，庭长室设在东条英机原来的办公室。5月3日，法庭在军事会议厅召开第一次公开会议，开始审理东条等战犯的罪行。
审理采用美、法法律，分立证和辩证两个阶段。3日至4日，首席检察官基南宣读长达42页的起诉书。起诉书历数了自1928年1月1日至1945年9月2日，被告的破坏和平罪、战争犯罪和违反人道罪等，即“以领导者、组织者、教唆者或同谋者的资格，参与共同计划或阴谋，欲为日本取得对东亚、太平洋、印度洋以及其接壤各国或邻近岛屿之军事、政治、经济的控制地位，为达到此目的，使日本单独或其他国家合作，对任何一个或一个以上之反对此项目的国家从事侵略战争”。起诉书列举出55项罪状。被告中罪状中最少的也有25项，最多的达54项。
东京审判从1946年5月3日开始，到1948年11月12日结束，前后持续2年半之久，共开庭818次，法官内部会议131次，有419位证人出庭作证，779位证人提供述书和宣誓口供，受理证据4336份，英文审判记录48412页。1948年4月16日，法庭宣布休会，以作出判决。从1948年11月4日起宣读长达1231页的判决书，到12日才读完。整个审判计耗资750万美元之多。判决书分三部分。
第一：
一，法庭的设立和审理。
二，法庭的职责
甲，法庭的管辖权；
乙，对俘虏的战争犯罪的责任；
丙，起诉书。
三，日本的义务和权利。
第二：
四，军部控制日本，准备战争。
五，日本对中国的侵略。
六，日本对苏联的侵略。
七，太平洋战争。
八，违反战争法规的犯罪（暴行）。
第三：
九，起诉书中罪状的认定。
十，判决。判决书肯定日本的内外政策在受审查的时期（1928—1945年）内都是旨在准备和发动侵略战争。
被告最初是28人，但前外交大臣松冈洋右和前海军大将永野修身病死，为日本侵略炮制法西斯理论根据的大川周明因发狂而诊断为精神病中止受审。最后只对25人进行了审判和判决。对7人处以绞刑（东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、木材兵太郎、松井石根、武藤章）。对16人处以无期徒刑（荒木贞夫、桥本欣五郎、畑俊六、平沼骐一郎、星野直树、贺屋兴宣、木户幸一、小矶国昭、南次郎、冈敬纯、大岛浩、佐藤贤了、屿田繁太郎、白鸟敏夫、梅津美治郎、铃木贞一），判处2人有期徒刑（东乡茂德20年，重光葵7年）。1948年12月23日凌晨，东条等7名战犯的死刑在东京巢鸭监狱（即半岛区东池袋三丁目旧东京拘留所，现东池袋中央公园内）执行，东条等人被绞死在死刑架上。
除东京审判外，盟国还在马尼拉、新加坡、仰光、西贡以及伯力等地，对乙、丙级战犯进行审判。据统计，被盟国起诉的日本各类战犯总数为5423人，被判刑者4226人，其中被判处死刑者941人。＇〔日〕服部卓四郎：《大东亚战争全史》，原书房，1970年版，第1015页。＇
远东国际军事法庭对日本主要战犯作出的合乎正义的公正判决，具有重大的国际意义。
第一，通过这次审判，它根据许多第一手原始资料和1000多人的证词，核实了大量吏实，揭发和列举了战争贩子们的许多战争罪行，肯定了日本从“九·一八”事变到太平洋战争期间所进行的是侵略战争，并惩办了战争的策划者，这有利于保障世界各国人民的和平与安宁。
第二，远东盟军最高统帅总部的《特别通告》和《远东国际军筝法庭宪章》与欧洲军事法庭判决书一样，是世界各国公认的关于战争的重要的国际法文件，它肯定了如反和平罪、战争罪、反人道罪等都是违反国际法的罪行，等等。1946年12月11日，联合国大会第95（1）号决议确认了上述原则为国际法原则。
这在国际法上开了先例，促进了战争法规的发展。
最后，尚须指出，第二次世界大战结束后，由于美国的对外政策明显地转向反苏、反共，反对中国革命，急欲把日本变成反共的东方前哨阵地，美国占领当局竟不顾中国和全世界人民的反对，对日本战犯竭力庇护或大批释放。判决书只强调日本军事在实行侵略战争方面的罪行，而减轻日本政府和垄断资本为天皇、重臣、高级官僚、财界领导者等的责任。1947年8月30日，美国就释放了大资本家站川和航空卫业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的真正根源没有得到彻底揭露。
1948年12月24日，即对7名甲级战犯执行绞刑的次日，麦克阿瑟总部宣布，释放仍在巢鸭监狱中的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。
1949年10月19日，宣布对乙、丙级战犯也结束审判，不再逮捕、搜查战犯嫌疑犯。
1950年3月7日，更悍然颁布“第五号指令”，规定所有根据判决书仍在日本服刑的战犯都可以在刑满前按所谓“宣誓释放制度”予以释放，这实际上废除了远东国际军事法庭的判决。中华人民共和国外交部于1950年5月15日发表声明，指出：“中央人民政府认为驻日盟军最高统帅麦克阿瑟违法越权的行为，不仅破坏了第二次世界大战中远东同盟国关于设立国际军事法庭的协议，不仅破坏了远东国际军事法庭惩治日本战犯的庄严判决，同时，这种狂妄行为必然严重损害了中国人民以八年血战换来的制裁日本战犯的基本权利，损害中国人民防止日本法西斯侵略势力复兴的基本利益。因此中华人民共和国中央人民政府对于麦克阿瑟以单方命令擅自规定提前释放日本战犯一事，绝对不予承认。”1950年11月21日，远东盟国总部又非法释放判刑己太轻而且刑期未满的重光葵，他不久就当上了外务大臣和副首相，荒木贞夫、畑俊六等也被释放，贺屋兴宣甚至重新回到政界。到1958年4月7日，所有战犯未服满的刑期都最后得到了赦免。
1944年5月16日，联合国战罪审查委员会伦敦总会通过决议，在中国设立远东及太平洋分会，并由中国政府担任分会主席。同年11月29日，由王宠惠主持在重庆正式成立分会，邀请美国、澳大利亚、比利时、英国、法国、印度、荷兰等10余国代表参加。
1945年12月，根据国民政府决定，由军令部、军政部、外交部、司法行政部等单位，与联合国战罪审查委员会远东及太平洋分会组成战犯处理委员会，并制定审理与执法的规定。从1945年12月中旬起，相继设立保定绥署审判战犯军事法庭，东北行辕审判战犯军事法庭，国防部南京审判战犯军事法庭，广州行辕审判战犯军事法庭，济南第2绥靖区司令部审判战犯军事法庭，武汉行辕审判战犯军事法庭，太原绥署审判战犯军事法庭，国防部上海审判战犯军事法庭，台湾警备司令部审判战犯军事法庭。
从1945年底至1947年12月底，上述各军事法庭共受理战犯案件2435件，已判决的318件，不起诉的661件，经国防部核定判处死刑的110件，其中包括对南京大屠杀的主犯之一日军第6师师长谷寿夫，判处死刑绑赴中华门执行枪决，判处徒刑的208件，宣告无罪的283件。由于蒋介石、何应钦等人出于利用日军力量进行反共内战的考虑，对侵华日军战争罪犯的审判竭力施加影响，从轻从宽处理，甚至免于追究和无罪释放。如前日本中国派遣军总司令官冈村宁次是侵略中国历时最久、罪恶最大的日本战犯之一。
1945年8月，中国共产党领导下的陕甘宁边区政府公布日本战犯名单，冈村被列为首要战犯。但蒋介石却让他作秘密军事顾问，策划向解放区的进攻。在全国人民的愤怒舆论的压力下，蒋介石被迫对其进行“审判”，结果，国防部审判战犯军事法庭于1949年1月26日竟然宣判他无罪。判决消息传出，全国舆论大哗。对此，连自认为死刑在所难免的战犯冈村宁次本人也觉得太失体统。
根据1956年4月25日中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会《关于处理在押日本侵略中国战争中犯罪分子的决定》，中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭分别于沈阳、太原开庭，对在押日本战争罪犯进行公开审判。沈阳特别军事法庭于1956年6月9～19日开庭，对前日军第117师中将师长铃木启久等8名战犯，根据近2000人的控诉、检举和证词，庭审调查证实上述罪犯有推行烧光、杀光、抢光的“三光”政策，进行细菌战和化学战，肆意践踏国际法，犯有违反和平罪、战争罪和违反人道罪，分别判处13～20年有期徒刑。太原特别军事法庭于1956年6月10～20日开庭，对战犯富永顺太郎等8名罪犯进行审判。庭审调查证实上述罪犯在侵华期间指挥特务进行间谍活动，刑讯、残害中国人民，日本投降后，又勾结汉奸、特务，破坏中国人民的解放事业，法庭宣布判处该8名战犯8～20年有期徒刑。
第六编 走向胜利（1943。7～1945。9）
第六编 小结
1943年秋至1945年9月，是中国抗日战争走向胜利的阶段。
1943年春夏以来，世界反法西斯战争出现了重大的转折，反法西斯盟军在各条战线展开战略反攻和战略进攻。2月2日胜利结束的斯大林格勒会战，成为苏德战争的转折点，苏军开始了战略反攻。5月13日，美英联军胜利结束北非的军事行动，9月上旬在意大利登陆，迫使意大利投降。在太平洋战场，美军于2月7日取得瓜达尔卡纳尔岛战役的胜利，从此日军被迫转入战略防御，美军开始战略反攻。中国敌后战场军民渡过最困难的时期，进入恢复和再发展阶段，并于秋季开始了局部的攻势作战。世界东西方战场的整个形势表明，反法西斯战争已不可阻挡地正