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其他自然科学，如在解剖生理学方面，从解剖学上说，李时珍所指的“脾”，乃俗话所说的“联贴”，是有形之物，即后世所说的胰脏。他又首先提出“脑为元神之府”，说人体的头部如圆形的穹窿天盖，在这里有“泥丸之宫”，是一身神灵所集中的部位①，这在我国古代医学以心为全身脏腑的主宰的传统观念中，是一个了不起的成就，使其后的一些医学家对于脑子的功能有进一步的认识。在药物栽培方面，对于土壤、整地、繁殖、灌溉、施肥和收获的知识，都符合现代药物栽培学的要求。李时珍还通过利用较精密的称量方法，测量容器中水分蒸发速度的不同，以预知天气的晴雨；利用玻璃中是否有气孔存在，以鉴别天然及人工制造产品。他还指出动物粪便可以化石、动物也可以化石，这些也属首次记载。他还指出月球与大地一样，其中的树影、嫦娥之类，实乃“山河之影尔”②，至于雨中落桂、雨尘沙土石、雨金铅钱汞、雨絮帛谷粟、雨草木花药、雨毛血鱼肉等等，如其认为并“非月中有桂”，因为桂只在南方才有，所以南方雨桂，乃自然现象。李时珍当时对一些天文气象现象的了解已是很深入的了。
① 《本草纲目》卷三四《辛夷》。
② 《本草纲目》卷三四《月桂》。
第三节科学思想和科学方法李时珍之所以能在古代科学上攀登高峰，取得伟大的成就，正是因为他有着一套科学的思想方法和工作方法，再加上他的勤奋刻苦、孜孜不倦的精神，这些就是他取得成就的关键所在。
首先，李时珍在研究过程中，坚持了自然科学唯物论的原则。他从小就受到儒家封建礼教的教育，在思想上受到熏陶和束缚，但他坚持了唯物论原则，因而还是能取得成就。他所从事的是研究本草学，也就是古代的博物学。宋代理学家朱熹说过：“上而无极太极，下而一草一木，昆虫之微，亦各有理。一书不读，则缺了一书道理；一事不穷，则缺了一事道理；一物不格，则缺了一物道理。须看逐一件与它理会过。”①对自然界一切要做到所谓“格物致知”。李时珍同意这一观点，说古人既然如此重在“格物”，则“医者贵在格物也”②。他认为天下万物，都可以为药，“虽冷僻不可遗也”，“天下无弃物”③。他认识到并掌握了自然界的某些规律变化，了解自然界事物的共性和个性，知道什么是正常的，什么是异常的。认为“神仙之说渺茫，不知有无。然其所述之物，则非无也”①。明确地把客观存在的物质，与虚无缥缈的唯心邪说截然分开。他还十分注重自然界各种事物中有时存在着违背一般规律的特殊现象，诸如诸木皆浮于水，独沉香入水则沉，而众石入水皆沉，唯浮水石入水反浮这类稀奇古怪的现象。只有在充分掌握和了解自然界的众多现象和规律之后，进行总结，才能得出正确或较正确的判断，“理外之事，容或有之，未可便指为谬也。”
李时珍对格物的目的性的认识，是为了在临证实际工作中的应用，即“格物致用”。他说过，要掌握本草的内容，得其要领，重要的是“在用者能得肯綮，而执其枢机焉”②。所以《本草纲目》中于每一种药物之后都列出该药的功用方剂，是“著用也”。通过对自然界大量事物的学习、实践和研究，李时珍终于成为一个具有坚持自然科学唯物论原则的杰出科学家。
其次，李时珍强调必须用辩证的观点来对待变化了的自然界事物。在本草学的范畴里，一些古代本草学者，对于不同时代学者对某一生物形态、药物性质等的不同描述，常常是意见相左，争执不休，很少用辩证的观点去看待在时间上的变化和迁徙所起的影响及所致的差异，也很少用同样的观点去看待地大物博、地域方舆在空间上的区别，因而在这方面仍然停留在单纯的本草学的范畴。李时珍则从自然科学的角度去研究中药学，在深度和广度上都远远超过他的前代。深邃的学识、广阔视野以及唯物论的态度，使他观察到了生物界在时间和空间上的变化。如，汉代《神农本草经》将云实花这种药列入可长期服用的“上品”药。事实上，这是一种烈性药，不可久服，李时珍直率地指出：“此古书之讹也”，敢于批评本草学家奉为神圣的经典。对于某些叙述有所不同的药物，他并不一概斥为“古书之误”，而是辩证地① 《朱子语类》卷十五。
② 《本草纲目》卷十一《芎贰�
③ 《本草纲目》卷三八《服器》。
① 《本草纲目》卷九《石芝》。
② 《本草纲目》卷九《水银》。
对待。如，黄连这种药，汉代《李当之本草》指出以蜀郡色黄质肥而坚者为善；到了唐代，则以澧州（今湖南澧县）者为好；而明代则以雅州、眉州（今四川雅安、眉山等地）者为上乘，李时珍认为这是古今药物“兴废不同”所致。同样，莎草一药，是重要的药用植物，李时珍指出南北朝陶弘景的《本草经集注》还不识此药，其他各种本草书也不知有此药，认为这种情况是古今在药物上的差异，不足为怪。所以，他指出现今不识之物，就弃之不用，“安知异时不为要药？”①认为“盖有隐于古而显于今者。。虽冷僻不可遗也”②。
李时珍具有实事求是的科学态度。自然界事物无穷无尽，一个人的精力、寿命都有一定的限度，不可能亲身穷尽一切事物。对于那些反科学的邪说，他痛斥其谬，而对于亲自经历实践过的，肯定无疑的科学事实，他如实记载。对那些自己没有实践过的，或者无法判定其真伪的传说或记载，则作为存疑，以俟其后之识者来加以补充、判断。比如，他对所谓患疗疮者不宜见麻勃、见之即死的古代记载，他写道：“不知麻勃与疔何故相忌。亦如人有见漆即生疮者，此理皆不可晓。”③对于《广雅》所说的“天社”即蜣螂一说，对于所谓金刚石乃鹰隼粘带食入腹中、遗粪于河北砂碛间所化而成的说法，他表示“未知然否”，对于“撒八儿”乃玳瑁遗精被蛟鱼吞食后吐出，年深结成的传说，他也承认自己无法证实或否定，“亦无所询证”①。更可贵的是他抱定的那种“当俟博物者订正”、“漫记于此，以俟博识”、“以备祛疑”，。。等一类谦虚而实事求是的语句，表明作者科学的态度和虚怀若谷的胸怀。他这种态度，为后世从事博物学或相关学科的一些学者，提出了许多有待探讨的新课题。《本草纲目》具有重要科学价值的另一原因，也在于此。
李时珍研究自然事物的规律，十分注意立论的严谨、结论的准确性和科学性。他所说的“的据”，就是有可靠的证据。为了取得这种确实可靠的证据，李时珍在工作中采取了多种多样的工作方法，一种是“搜罗百氏”、“通考诸说”。他曾“闭门读书”达十年之久，把他所能见到的各种古籍，计八百多种，搜罗无遗。他充分借鉴前人所取得的研究成果、间接经验，其中包括从当时全国各民族中收集的民谣、俚语、俗话、民谚等以及各行各业劳动人民，包括农夫、樵夫、猎人、手工业工人、矿工等等的实践经验。李时珍十分反对那种“贵耳贱目”的做法，直接批评一些前人如陶弘景等人，认为他们在某些问题上“未深加体审，惟据纸上猜度而已”②，“谬猜乱度，殊无指归”③。他极力提倡要亲身体验，然后才作结论。如关于“螟岭有子”的诗句，他亲自观察蠮螉的巢，视验其卵。对不同的蓬蹋鬃圆墒颖冉稀６蕴O的不同品种，也“一一采视”，从而为“的据”取得第一手资料。李时珍抱着献身科学的精神，亲自饮用曼陀罗花，以取得其引致麻醉的最佳剂量，对罗勒子作实验，证实它具有治疗眼病的作用。
由于医疗临证的需要，李时珍对自然界的不少规律，有较多的了解。这① 《本草纲目》卷十四《莎草》。
② 《本草纲目·凡例》。
③ 《本草纲目》卷二二《大麻》。
① 《本草纲目》卷四五《玳瑁》。
② 《本草纲目》卷十九《蘋》。
③ 《本草纲目》卷十一《朴硝》。
种认识过程他称之为“窥造化之奥”。有许多药物，依靠其“毒性”对疾病的抑制和影响而起作用，有的毒性是极大的。如果不深入了解药性，则不