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DNA本身并不复杂，是由四种不同的核亘酸相联而形成的长链。复杂的是DNA分子中这几种核亘酸排列的顺序（Sequence）。DNA正是借著这四种核亘酸的不同排列顺序产生了不同的基因，并由此产生不同的蛋白质及其他生命所必须的化合物，进而发展出不同的生物性状。正如在第一章提到的那样，这四种核亘酸在DNA分子中不同排列组合的可能性之巨大，远远超出人们的想象。然而这些巨大的排列组合的可能性中，只有一种可能性是可以产生第一个生命的。随机产生这一正确组合的可能性之小就不难明了了。
梁斐生博士曾引用过一九六七年诺贝尔化学奖获得者爱根博士（Manfred Eigen）的演讲中所说的话：“一个含有221个核亘酸的分子，其复杂程度的数学量等于这些核亘酸所能形成的不同排列的总和一共是4221（4的221次方）或者是10133（10的 133次方）”，而“10105 个这样的分子就足以充满整个宇宙！”这10133次随机组合之中，只有一次组合是可以产生第一个生命的。这是什么意思呢？如果让这10105个分子随机组合，令组合的速率为每秒一万次（104），假设宇宙的年龄为三百亿年（1018秒），那么，从宇宙形成到现在，一共可以产生的组合方式是10127次（10105x1018x104），还不足以产生一个有正确核亘酸排列组合序列的DNA分子8！
根据美国太空总署的资料，最简单而“有生命”的蛋白质分子至少含有四百个氨基酸。也就是说，需要至少由一千二百个核亘酸组成的DNA分子使该蛋白质能够产生。人们在最简单的原核生物中看到的DNA分子，含有几千个、而不是221核亘酸。可见，无论宇宙的年龄有多长，“进化”速率有多快，单靠随机组合而产生第一个生命所必须的DNA分子的可能性几乎等于零。
其次，DNA分子形成时，需要各种霉的参与；而霉是一种蛋白质。但是，蛋白质要在DNA链上的基因的指控下才能合成。象“先有蛋还是先有鸡”的问题一样，在第一个生命产生之际是先有DNA分子呢，还是先有这种DNA形成时所必须的蛋白质（霉）呢？答案是，必须两者同时形成，缺一不可。凭机遇单是形成DNA分子已几乎无可能，更何况还要靠机遇同时形成各种霉聚合。如果一定要用进化的、随机产生的观点来解释第一个DNA分子的形成，未免太牵强了。
化石的证据
如果生命真是从无机物逐渐进化而产生，然后由简单到复杂，由低级到高级不断进化的话，化石中一定可以找到这种进化的证据。可是化石的证据对进化论的观点是非常不利的。在地质和古生物学界，把寒武纪早期（约5。7亿年前）作为“隐生宇”和“显生宇”的分界。因为在寒武纪之前的地层几乎找不到生物的化石，而寒武纪早期，几十个门（Phylum）的动物的化石突然同时出现，被称之为“寒武纪生命大爆炸”。这是进化论无法解开的一个死结。
詹腓力博士（Dr。 Phillip E。 Johnson）在他的著作中指出：“化石记录问题之中使达尔文主义者最头痛的难处是‘寒武纪大爆炸’（Cambrian Explosion）。大约在六亿年之前，几乎所有动物的‘门’（Phylum）同时在地层中出现，完全没有达尔文主义者必须有的祖先的痕迹。正如道斯所说，‘这些动物化石就好象有人故意放进去的一样，完全没有进化的历史可以追寻。’达尔文在世时还没有证据显示寒武纪之前有任何生物存在。他在《物种起源》中承认‘这现象目前仍未能解释，而且的确可以用来作为有力的证据打击我现在要讨论的观点。’达尔文又说，如果我的学说是确凿的话，‘寒武纪之前的世界必定充满各种活物’” 9。
但古生物学研究的结果正与达尔文所预期的相反。本世纪以来在加拿大哥伦比亚省发现的伯基斯（Burgess Shale of British Columbia）动物群，澳大利亚弗林斯德山脉发现的埃迪卡拉（Ediacarans）动物群和一九八四年在中国云南省昆明市附近的澄江县发现的澄江化石生物群，都进一步证实，在寒武纪，大量的动物门类同时突然出现，展示了地球上生命的形式的爆炸性的突变，无进化痕迹可寻。一些古生物学家报导说，他们在古老的岩石中（被认为在三十亿年以前）找到一些原核生物（如细菌、蓝绿藻等）的化石。此类化石有时是难以分辨真假的。即使这些化石是可靠的，这些原核生物与寒武纪突然出现的复杂的真核动物之间无任何进化关系。
进化论者的一种推测是，寒武纪动物群的祖先可能是软体动物，很难形成化石。但这种推论是站不住脚的。因为，在伯基斯页岩中有很多软体动物的化石。在澄江化石群中，许多动物的软体组织如胃肠、口腔、神经等都保存完好，清晰可辨。
一九九五年四月在中国南京召开了“寒武纪生命演化大爆炸、环境和资源国际讨论会”。与会者高度评价了我国澄江化石生物群的研究成果。同时，《人民日报》（海外版）于一九九五年五月二十五日发表了纽惟恭的题为〈澄江化石生物群研究成果瞩目〉的评论文章。文中写道：“近十年来，该所（指中国科学院南京地质古生物研究所…笔者注）对澄江化石生物群进行了系统的综合性研究，采集了成千上万的珍贵化石标本，发表了许多重要论文，引起全球古生物学界的轰动。研究表明：寒武纪生命‘大爆炸’是全球生命演化史上突发性重大事件，现代生命的多样性起源于此，又经过几次重大突变演化而成。对其进行深入研究，可能对传统的进化论是个动摇。”
接著，《人民日报》（海外版）在一九九五年七月十九日又发表了另一篇署名为丁邦杰的评论文章：《向进化论挑战的澄江化石》。文章说，“十九世纪，英国科学家达尔文创立了著名的生物进化论。其中一个核心论点便是：生物物种是逐渐变异的。但是，经科学家长期研究发现距今5。3亿年的寒武纪早期，地球的生命存在形式突然出现了从单样性到多样性的飞跃。于是，‘寒武纪生命大爆炸’的命题被提出来了，只是由于种种原因，在过去相当长的时间里，这一命题难以被充分认识。”
最近，《人民日报》（海外版）（一九九九年十一月五日）在头版新闻报导说，中国古生物学家在“寒武纪生命大爆发”的研究中取得重大突破：发现了地球上最古老的脊椎动物“昆明鱼”和“海口鱼”。报导说：“寒武纪生命大爆发是地球三十八亿年生命演化历史上规模最为宏大、影响最为深远的生物创新事件，它在不到地球生命发展史1％的‘瞬间’创生出了 90％以上的动物门类。”（可详见Nature杂志一九九九年十一月四日号所载的专文）
多年来，达尔文的进化论在中国被视为不容质疑的科学真理。今天这种“闯禁区”的文章能在中国最权威的报纸《人民日报》登载出来，意义深远。这说明，一批诚实、严肃的科学家基于研究结果，已开始冲破各种思想束缚，勇敢地向不符合客观事实的权威理论挑战。我相信，这仅仅是开始。
地球的生命来自外星球？
由于生命由无生物逐渐进化而来的“无生源论”或“生物自生论”的观点遇到上述许多无法逾越的难题，不少科学家开始放弃了这种观点。李志航说：“怪不得因发现核酸DNA结构而世界闻名的Crick氏这样说：‘每次当我写一篇关于生命来源的文章后，总发誓以后绝不再写这类文章，因为猜想的东西太多，确知的事实太少了。’ （可惜，发了誓以后他还继续写！）”10但其中一些人仍不愿接受神创造生命的创造模式，转而提出“生物外来论”（Panspermia）的假说。Francis Crick也说过：“若生命没有藉自然程序来开始，除非我们赞成特别创造的论点，否则生命必始于他处，并将地球殖民地化”11。科学家们一直在陨石中找微生物，但至今没有成功。原以为火星很可能有生命，但无人驾驶的太空飞船一九七六年在火星登陆后发现火星是生命的荒漠，连水都没有。美国太空总署并不灰心，又先后向月亮、金星、水星、土星和海王星等发射了飞船，结果仍使人失望。即使如此，科学家们又把希望寄托在太阳系以外的外太空。不少人相信，外太空可能有高级智慧生物，并由他们把原始生命送给地球的。美国国会于一九八九年拨款一亿美元，用以“寻找外太空智慧”（Search for Extraterrestrial Intelligence）的计划。
寻找外太空智慧并非无稽，笔者对UFO等也有浓厚兴趣。但是，如果在诸多事实面前仍坚持排除生命有超然起源的创造论的观点，转而求助于外太空生物，并不能解释生命起源的终极原因。即使有一天科学家真的证明了地球上的原始生命来自外星球，我们仍会面对我们今天所面对的难题：外星球的原始生命又是如何起源的呢？
六、自然选择面对的困难
达尔文进化论的中心思想是自然选择或物竞天择。它主要是说，生物都不断发生变异，不断产生新的性状。有的变异更具有竞争能力，有的则不利于生存。这样，在众多的变异中，适合环境的物种就被保留下来，不适应者就被淘汰，即所谓适者生存。久而久之，生物就不断由低级向高级进化。可是，达尔文关于自然选择的观点面临著越来越多的理论上和实践中的难题。
进化的原料和动力
分子生物学兴起后，一些学者开始寻求进化论的理论基础。他们认为，因为在自然界，生物的基因在不断发生突变（mutation），基因突变导致生物性状发生变异。也就是说，基因突变是进化的原料，自然选择则是进化的动力。这种被称之为“新达尔文主义”的论点乍听之下很有道理，�