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同政府的其他决策比较起来，布什提出的计划是没有先例的，计划中根本不提接受款项的人应当向纳税人和选民作出说明的义务。杜鲁门总统曾经有过担心：一个自主的国家科学基金会将会在很大程度上〃摆脱人民的控制，这显然是缺乏对民主程序的信任〃。尽管如此，布什建议的方案还是被采纳了，而且在那以后的约40年间，它一直是美国政府支持基础科学研究所坚持的一贯作风。在曼哈顿计划中，这种自主模式已经成形；在1946年的原子能法案中，它备受珍视；在所谓〃行政契约〃（administrative contract）的安排中，它更是加以制度化了。基础科学在那时备受优待，享有最大的自由和灵活性，排除了来自无事找事的官僚、政治争斗以及其他外来的一切干扰。当时美国政府的科学政策真是与罗伯特·默顿的理论丝丝入扣。科学精神自主权的逊位
这种精神自主模型无法克服一个很可能会遇到的障碍，即一个民主社会有可能也像对待其他问题那样同等地对待一个科学问题：要求它服从一个民主决策的程序。就一个科学问题进行普遍投票，按照这种自主模型，那是非常荒谬的。两位历史学家乔治·丹尼尔斯（George Daniels）和内森·伦哥尔德（Nathan Reingold）曾经提醒过人们，这种自主模型从长期来看是不现实的，很可能会导致麻烦。丹尼尔斯指出，那是〃对规则的非民主例外〃。他认为，只要科学通过政府依靠来自民众的财政支持，那么，〃它就必须寻找出一些与周围的社会保持接触的手段〃。伦哥尔德则警告说：〃希望和以为可以不受到历史兴衰的影响， 那是一种幼稚的想法。〃不管欢迎不欢迎，一个民主社会有时总会对某些科学问题主动产生兴趣，哪怕后果是一团糟。
丹尼尔斯和伦哥尔德的预言不幸言中，就在不久以前得到了应验。在20世纪60和70年代，参议员威廉·普洛克斯默尔（William Proxmire）提出的所谓〃金羊毛奖〃（Golden Fleece Award）〃Fleece〃一词原意为〃羊毛〃，亦转意为〃诈骗〃，此处用其双关含义。此〃奖项〃的用意，请看紧接的下文。译者注，一直是国会中批评政府资助科学研究通常采用的一种手法。普洛克斯默尔的做法，是挑选出某一个在小范围内颇得到重视的科学资助项目，然后设法证明它其实是夸夸其谈，或者不过是对明白无误的现象进行的无谓调查，以此来讥讽该项科学资助。这种做法，其实是常识哲学的赤裸裸的表白：如果非科学家不赏识那项研究，那么，那项研究就肯定没有价值，由此可见，有关的科学家必定在欺骗纳税人。 不过，今天回想起来，普洛克斯默尔的批评还要算是温和的，因为他只说了某位科学家的研究是愚蠢的，还没有说他是在犯罪，而且，他也只是抓出个别资助项目把它们曝光，倒没有笼统说整个科学都是一团糟。
可是，一进入20世纪80年代，由于有众议员约翰·丁格尔（John Dingell）比普洛克斯默尔更加吹毛求疵，开始对科学家和研究部门进行一系列咄咄逼人的调查，国会对科学的精神自主权的那点尊重，便荡然无存。例如有一场被闹得沸沸扬扬的以特勒扎·依马尼西卡里（Tereza ImanishiKari）和戴维·鲍迪莫尔（David Baltimore）为一方，而以马哥特·奥吐尔（Margot O'Toole）为另一方的官司，起初不过是对于一项研究引入外来基因对抗体有何影响的实验的数据在解释上双方发生了分歧，那本来是一件正常的事情。可是，在丁格尔发起的调查的鼓动下，那场争执一再升级，最后竟导致一起对依马尼西卡里和鲍迪莫尔二人的大肆宣扬的指控，称他们犯下了严重的对公众欺诈罪。在那场冲突结束以前，诺贝尔奖的获得者鲍迪莫尔曾公开受到彻底的羞辱。在国家卫生研究所调查罗伯特·盖洛（Robert Gallo），怀疑他并未发现艾滋病病毒的事件中，同样也有理由相信，调查人员受到了来自丁格尔及其手下人的压力。他们就像在鲍迪莫尔案件中一样，对付起盖洛来特别地苛刻严厉。当丁格尔怀疑国家卫生研究所的所长伯纳迪思·希利（Bernadine Healy）在阻碍对盖洛的调查时，他竟然算起无关的旧帐来，指责希利在以前的一项调查中也曾处理不当。不仅如此，丁格尔对斯坦福大学管理费用支出的调查，还是唐纳德·肯尼迪（Donald Kennedy）决定辞去该校校长职务的主要原因。此事引起一片惊慌，许多学校害怕出现管理费丑闻，突然间都决定重新核算它们的间接成本。公正地说，丁格尔并非单独与科学家过不去。他对银行管理人员和保险业，对有线电视公司，对五角大楼的采购人员，全都不留情面。尽管如此，对于科学的精神信誉来说，这后果也是太可怕了。在美国的历史上，从来没有过这么多科学家被当众羞辱，被公开指控犯下了欺诈、贪污和损害公众利益等罪行，或者有接近犯罪边缘的其他种种品行不端。大量这类事件的传播，结果产生了一种广泛的怀疑情绪，即认为科学作为社会的一种组织结构，没有能力控制它的成员的越轨行为。丁格尔的调查人员武断地认定，科学家通常都是一些〃顽固不化的腐化的小人〃，他们撒谎成性，总是隐瞒证据。〃这个（调查人员）小组表现出对于这个国家的科学事业有很深的敌意。〃正因为如此，丁格尔一伙人才认为，应该让戴维·鲍迪莫尔公开受辱，让所有的科学家都得到教训。
众议员丁格尔的指控，有时有效，有时无效，但却击打在主张科学在精神上是自主的理论的心脏上。〃当科学家说政治家在科学事务中无事可干时，他们就没有多少说服力了。〃当科学研究中的不确定性、预感和推断被说成是犯罪行为时，丁格尔一类的调查就有力量〃制造一种气候，诅咒高水平的科学研究〃，〃削弱科学的士气、吸引力和权威〃。苏珊娜·加门特（Suzanne Garment）认为，我们的政治文化有一种贪得无厌地追逐丑闻的习气。有组织的科学活动就好比一片新发现的大陆，直到最近它才向外界的丑闻指控开放，于是，科学就向那些好事的起诉人、虎视眈眈的调查人员和无事生非的检举人提供了许许多多新的机会。对科学家的不信任，还来自政府之外。兰迪·席尔茨（Randy Shilts）所写的艾滋病政治史，十分典型地反映了这种敌意。在席尔茨的故事中，工作在各疾病防治中心（Centers for Disease）处于第一线的流行病学家被描写成英雄，那些医治艾滋病的临床医生也受到称赞。但是，在国家卫生研究所从事研究工作的科学家，却好像对艾滋病漠不关心，自以为比关心该种疾病的人高人一等。席尔茨写道，在1981年9月，国家卫生研究所的科学家们〃毫不关心（艾滋病），因为这个领域无名无利，拿不到基金〃。这位作者把国家卫生研究所的研究风气描写成如下模样：〃纯科学。那就是说，绝不让人来告诉他们该做些什么。那些科学家工作全凭兴趣，只指望碰巧能作出有益于人类的发现。〃席尔茨还一再暗示，呆在国家卫生研究所那座象牙塔里的知识分子曾经以种种微不足道的借口拖延研究工作，暗中破坏向艾滋病发起的战斗。接着，他用一种挖苦的口气写道：他们还好意思为自己丧尽天良的做法辩护，把它说是〃在科学上负责〃和是〃责任重大的科学〃。
对科学自主权的另一个打击，是在进入90年代以后来自令人痛心的经济上的限制，这对于依靠联邦基金的科学为害最大。乔治·布什（George Bush）总统的科学顾问D·阿伦·布罗姆莱（D。Allan Bromley）在他任期届满时发出警告：