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四是注意核算问题。根据121号文件的规定，企业同时从事金融业务和非金融业务，其实际支付给关联方的利息支出，应按照合理方法分开计算；没有按照合理方法分开计算的，一律按其他企业的比例计算准予税前扣除的利息支出。
五是121号文件对取得利息的一方也强调，企业自关联方取得的不符合规定的利息收入应按照有关规定缴纳企业所得税。“
六是121号文件的执行时间问题。法的时间效力，指法何时生效、何时终止效力以及法对其生效以前的事件和行为有无溯及力。从行为规范上来讲，法的生效时间是这样的：（1）自法律公布之日起生效；（2）由该法律规定具体生效时间；（3）规定法律公布后符合一定条件时生效。121号文件中没有明确规定该文件的执行时间，但我们认为文件的执行时间应与企业所得税法的实施时间一致，即：2008年1月1日。
四、举例说明关联方借款税前扣除利息计算
A公司、B公司和C公司于2008年1月共投资1000万元设立D公司。A公司权益性投资200万元，占20％股份；B公司权益性投资200万元，占20％股份；C公司权益性投资600万元，占60％的股份。2008年1月，D公司以10％年利率从A公司借款500万元，以9％年利率从B公司借款600万元，以7％年利率向C公司借款600万元。假设A、B、C、D公司均为非金融企业；银行同期贷款利率为8％；D公司实际税负高于A公司，且D公司无法提供资料证明其借款活动符合独立交易原则；B公司可以提供税法规定的相关资料以证明其符合独立交易原则；D公司实际税负不高于C公司；
根据企业所得税法及其实施条例、121号文件的规定，现计算如下：
1、对A公司支付的利息
由于D公司实际税负高于A公司，且D公司无法提供资料证明其借款活动符合独立交易原则，D公司实际支付给A公司的利息支出，不超过121号文件规定的债资比例和税法及其实施条例有关规定计算的部分，准予扣除，超过的部分不得在发生当期和以后年度扣除。D公司接受A公司的债权性投资和权益性投资分别为500万元和200万元，其比例为2。5：1，高于规定的2：1，并且其约定利率10％高于金融机构同期贷款利率8％，故A公司借款利息不能全额税前扣除。其可税前扣除的借款额为200×2＝400万元，利息额为400×8％＝32万元。08年共支付A公司利息500×10％＝50万元，可税前扣除32万元，其余18万元应作在2008年作纳税调整，且在以后年度也不可扣除。
2、对B公司支付的利息
D公司接受B公司的债权性投资可以提供税法规定的相关资料以证明其符合独立交易原则，可以不看债资比例的规定，但其约定利率9％高于金融机构同期贷款利率8％，故B公司借款利息600×9％＝54万元不能全额在税前扣除，其与金融机构同期贷款利率相关的部分600×（9％－8％）＝6万元要作纳税调整。
3、对C公司支付的利息
D公司实际税负不高于B公司，也可以不看债资比例的规定，其约定年利率7％低于金融机构同期贷款利率，故C公司借款利息600×7％＝42万元可以全额在税前扣除。
4、A、B、C公司的利息收入
A公司自D公司取得的利息收入50万元、B公司自D公司取得的利息收入54万元、C公司自D公司取得的利息收入42万元，因企业所得税法和实施条例中没有相关税收优惠政策的规定，故均应并入应纳税所得额计算缴纳企业所得税。