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“魔鬼牧师”——为魔鬼布道反对上帝的人——在达尔文的记忆中，这个词组来自他在剑桥的岁月，是基督教叛教者、牧师罗伯特·泰勒（RobertTaylor）的雅号。由于泰勒猛烈抨击组织严密的教会，被以危害社会罪拘捕入狱。
尽管达尔文个人的不可知论从未与教会为敌，但是《物种起源》发表以后，他也被认为是一个“魔鬼牧师”。
达尔文的支持者中，虔诚的基督徒数量很多，有些甚至是牧师。著名牧师、作家查尔斯·金斯利（CharlesKingsley）认为，进化论与上帝并不冲突。在给达尔文的信中，他赞同上帝创造了“能够自我发展的原始生命形式”的观点，和上帝独自创造了世间万物的观点一样神圣崇高。美国杰出的传教士亨利·沃德·比彻（HenryWardBeecher）也持同一观点，他说：“我觉得进化论不过是发现了神圣的创世方法。”然而，《物种起源》激怒了大部分牧师，他们认为进化论否定《圣经》中上帝创造世界的描述。一旦人们开始怀疑《圣经》，将在什么地方停留呢？作为政治力量和精神力量的教会，有关进化的言论将影响它的道德权威。在许多人眼中，这些思想的传播非常危险，几乎能摧毁整个社会秩序。
牛津主教塞缪尔·威尔伯福斯的讽刺画，他是达尔文思想的主要攻击者。
教会中任何人对进化论的攻击，都无法与狡猾的牛津主教塞缪尔·威尔伯福斯（SamuelWilberforce）相比。威尔伯福斯绰号“老滑头”，在辩论时油滑奸诈，善于花言巧语。1860年6月，他作为主角之一演出了一幕反对达尔文的丑剧，掀起轩然大波。英国科学促进会在牛津大学召开年会时，威尔伯福斯准时发言，攻击达尔文和他的进化论。达尔文因病没有到场，他的好友赫胥黎和胡克参加了会议，随时准备捍卫进化论。700多人拥挤在演讲厅内，感受辩论时唇枪舌剑的激烈气氛。
威尔伯福斯的发言流畅自如，只是好像对科学问题知之不多。他的发言不是在传播真知，更多的是在蛊惑人心，煽动听众的情绪。威尔伯福斯阐述的一个要点是：如果他被说服，自己家族的先祖是一只“类人猿”，将会令人多么地沮丧压抑。主教继续发言，确切的话难以再现，但许多对会议的描述存留下来。它们一致认为，当时威尔伯福斯转身质问赫胥黎，如同赫胥黎宣称的那样，他祖父的一方还是他祖母的一方，到底哪一方是猿猴的后代呢？这也许更多是一个善意的玩笑，而不是恶意的辱骂。
“达尔文的牛头犬”托马斯·亨利·赫胥黎针对大猩猩头骨发表演讲。赫胥黎是达尔文最热诚的支持者、辩护者之一。
响应听众的召唤，赫胥黎从容还击。他回答道，自己宁愿选择一只类人猿作为祖父，也不愿意看到一位才智过人、富有影响的人滥用自己的天分，“唯一的目的仅仅是为了将谬误引进庄严神圣的科学辩论”。厅内立即响起了兴奋嘈杂的讨论声。一名女士支撑不住，晕了过去。
赫胥黎的反击引起的躁动还没有结束，听众中一位灰白头发的男子站了起来，手中一本厚厚的《圣经》高高举过头顶。他就是海军上将罗伯特·菲茨罗伊，达尔文环球航海时乘坐的贝格尔号的船长。达尔文和菲茨罗伊曾经为蓄奴制和《圣经》发生过争论。在过去的三十年里，两人逐渐疏远。菲茨罗伊变成了一个顽固的神创论者，相信《圣经》上的每一句话都是不折不扣的真理。现在菲茨罗伊宣称《物种起源》引起自己“深切的痛苦”，呼吁听众将达尔文思想驱逐出去。然而台下嘘声四起，将他轰下台去，欢迎下一位演讲者。（菲茨罗伊不时忧郁苦闷，悲惨地了却余生；牛津辩论几年后自刎身亡。）
胡克是辩论的下一位发言者。他以从容不迫、激动人心的发言，向听众表明，威尔伯福斯从来没有读过《物种起源》，对科学也是一无所知。在给达尔文的信中，胡克兴奋地说，主教“张口结舌，无言以对。四小时论战结束后，会议立即结束。你的理论大获全胜”。尽管胡克宣讲了进化论的观点，赫胥黎与主教生动有趣的唇枪舌战给人们留下了最深刻的印象。坚忍不拔、不屈不挠的赫胥黎，为维护达尔文和进化论随时准备应战，也因此荣获了“达尔文的牛头犬”的雅号。
主教的嘲弄讥笑触动了进化论最令人惶惑不安的核心：人类的地位。如果物种是进化的，那么人类起源于什么呢？达尔文在这方面的观点清晰明了。他的笔记和私人信件表明，所有生命，包括人类在内，都起源于同一祖先，认为类人猿和猴子是与人类关系最近的亲友。然而，达尔文从未试图在《物种起源》中清楚阐释这个激进的观点。在有关人类进化的问题上，达尔文非常谨慎小心，只是预言将来随着进化论研究的发展，“人类起源和人类历史最终将得到完美的解释”。尽管如此，从《物种起源》的字里行间，很容易理解到达尔文传达的人类起源于动物世界的观点。科学家们开始讨论人类和类人猿的异同点。虔诚传统的维多利亚人对于这些思考的态度，可以用伍斯特主教妻子的话一言以蔽之，据传她曾经说过：“起源于类人猿？！我的上帝！让我们祈祷这不是真的。如果真是这样，我们希望没有更多的人知道这件事情。”
一幅将老年达尔文描绘成猴子的漫画。对许多人来说，达尔文主义最让人不能接受的方面是人类也是自然界的一部分，与猴子和类人猿紧密相关。
《物种起源》发表以后的岁月里，包括赖尔和华莱士在内的一批作家，把人类起源的问题引入了他们的著作。赫胥黎最为痴迷地追随这个观点。1863年，他出版《关于人类在自然界中位置的论据》一书，除了从结构上论证人类与大猩猩、黑猩猩密切相关外，坚定地将人类置身于动物王国之中。
即使对于一些进化论者来说，也难以接受人类是动物界中的一员。许多人，包括华莱士在内，相信尽管通过进化和自然选择，人类获得了物质形体，但是超自然的力量赋予人类的思考和灵魂确是独一无二的。
进化论轰动一时，达尔文与伙伴们关系紧密，热切关注它的进展，同时在大部分情况下，又尽量避开公众的视线。不久，“达尔文主义”这个术语被用来概括达尔文的理论思想，特别是：物种进化论，作为进化首要机制的自然选择，所有生命源于同一祖先的论点，以及渐进主义（物种进化不是突然发生，而是缓慢逐渐进行的观点）。英国著名的达尔文主义者，除达尔文自己外，还包括赫胥黎和胡克。达尔文主义在美国的主要支持者是哈佛大学植物学家亚萨·格雷；主要反对者也来自哈佛大学，动物学家路易斯·阿加西（LouisAgassiz；1807－1873）。在德国，动物学家、解剖学家恩斯特·海克尔（ErnstHaeckel，1834－1919）是宣扬达尔文主义的先驱，他在演讲和论文中热情洋溢地向公众传播进化论。经过这些科学家的努力，达尔文的理论逐渐不再那么颇有争议，而是被越来越多的人接受。《物种起源》发表二十年后，达尔文在公众中的形象，逐渐从一名制造麻烦但值得尊敬的“危险分子”，变成了一位品质高尚的科学家。
同时，达尔文尽己所能继续努力工作。紧张忙碌的任务之一是准备《物种起源》的再版，从1860年到1872年，此书共修改了七次，添加了新的证据和对批评的反馈意见。另外还得处理来自世界各地的潮水般的信件，接见来到达温宅希图一睹这位伟大人物的来访者。尽管分散精力的事情很多，达尔文在《物种起源》之后，又成功地出版了十部专著，其中几本还是长篇巨著。这几部著作是对进化论各个方面细致入微的观察；进一步拓展深化了《物种起源》中提出的理论。
也许是与植物学家胡克和格雷交往的结果，达尔文对植物的兴趣越来越浓厚，撰写了一系列与它们有关的著作。早在1862年，达尔文就出版了《兰花借助昆虫传粉的种种技巧》一书，说明兰花花朵多姿多彩的形状和颜色，也是由于进化而来，用于吸引昆虫给植株授粉。第二年，达尔文在达温宅建造了一间温室，在这里花费大量时间进行实验、研究；达尔文对常青藤、攀援植物，以及捕蝇草等吞噬昆虫的植物特别感兴趣。他后期关于植物的著作有：《攀援植物的运动和习性》（1865），《食虫植物》（1875），《植物界异花传粉和自花传粉的效果》（1876），《同种植物的不同花型》（1877），以及最后与儿子弗兰西斯合著的《植物运动的本领》（1880）。
在其它著作中，达尔文深入细致地探讨《物种起源》中涉及的一些问题。两卷本《家养动物和培育植物的变异》（1868）全面包括培育驯养的问题，运用的是他在准备有关物种的“宏篇巨著”——《物种起源》时放弃的材料。在这部书中，达尔文阐述了一个受到胡克、赫胥黎和其他支持者批评的理论，他称之为泛生论，力图解释父母怎样将自身的特点遗传给后代。达尔文认为，父母体内的成分记录了他们自身的特征。泛生论在这一部分是正确的；今天这些成分被称做基因。然而达尔文相信，生命体存活时候获得的特征可以遗传给儿女，这实则大错特错。达尔文之前也有人持同一观点，著名的科