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利玛窦等人很快认识了皇宫里所有重要的侍卫，并与一些人建立了友谊，又在官员中结识了一批新朋友。在这段时间里，对他们帮助最大的，莫过于时任吏科都给事中的东林党人曹于汴。他主动先去拜访了利玛窦。当利玛窦问他怎么会首先来访问象自己这样一个很少为人所知的人物时，曹于汴回答道：“因为我从某些途径听说你是一位模范人物，传播一种教导人们如何正当生活的教义。”
由于没有事先到会同馆报道而迁怒了该衙门的官员，提督会同馆的主事下令将传教士统统拘上公堂审问，并且明令他们住在会同馆中。这一突如其来的变故，给正在准备请求在北京建立传教点的利玛窦等人当头一棒。因为会同馆将按外国人来对待他们，而外国人是不能长期居住在北京的。利玛窦等人按例被召入皇宫，向皇帝的龙椅行了跪拜礼。又拜访了礼部右侍郎朱国祚。朱国祚详细了解了他们到中国来的目的。这次利玛窦等人索性公开大胆地声明，他们是被派到中国传播上帝的教义的，并希望永久居住在北京。朱国祚为此上奏皇帝，但是一月过去了，杳无音信，于是礼部决定再上奏章。奉命管理自鸣钟的太监也希望耶稣会士们留下，因为如果钟发生故障，会受到神宗的责罚。
在科臣曹于汴的干预下，利玛窦等人从会同馆中迁出，住在城内。派了四名差役，隔五天给他们送去生活用品，还派了一名差役供日常使用，这样，耶稣会士们又获得了自由。曹于汴再次修改了奏章，礼部第三次上呈神宗。这次总算得到神宗的口喻，即：他们可以放心住在京城里，并且不愿再听到让他们回到南京，或遣送回国的建议。同时朝廷还四个月发放一次生活津贴，这在当时是一笔很可观的收入，即使在欧洲也如此。
皇帝批准利玛窦等人以个人身份在京城居住，这是一件史无前例的事。前来访问利玛窦等人的士大夫越来越多，其中较著名的有内阁首辅沈一贯、刑部侍郎王汝训、兵部尚书萧大亨、礼部尚书冯琦、吏部尚书李戴、礼部侍郎杨道宾和郭正域等。内阁大学士叶向高早在南京就与利玛窦相识，入阁后又在北京的家中两次款待利玛窦，他有《赠西国诸子》诗，充分肯定了中西方文化交流的意义：
天地信无垠，小智安足拟。爰有西方人，来自八万里。蹑屏历穷荒，浮槎过弱水。言慕中华风，深契吾儒理。著书多格言，结交多贤士。淑诡良不矜，熙攘乃所鄙。圣化被九埏，殊方表同轨。拘儒徒管窥，达观自一视。我亦与之游，冷然得深旨。
由于宫中的自鸣钟又出了故障，神宗命令拿到耶稣会士的家中去修理，于是好奇的百姓蜂涌而至。神宗觉得不成体统，于是钦准神父们一年可以进宫四次修钟，而后来实际上变成可以随意出入皇宫了。
利玛窦等人在京期间极力宣传基督教，他们的住所向所有人开放，与他们相识的还有皇亲国戚，甚至扩大到普通穷人，时常有下层群众来拜访。在北京有两个明朝的官员皈依了基督教，一个是湖广佥事冯应京，另一个是在工部任职的李之藻。
冯应京因反对税监陈奉而闻名于世，在任时，就曾派他的学生刘元珍请教当时居住在南京的利玛窦。冯应京被械送入京，利玛窦在他入狱前看过他。狱中三年，他们之间始终保持着友谊。冯应京重印了利玛窦神父的《交友论》，并为书写了序言；还印了所有可以搜集到的神父们的著作，其中有利玛窦的《天主实义》。冯应京允许仆人自愿领洗，自己则在狱中虔奉着神父们送给他的十字架。出狱后，他本来想立即洗礼，但又怕招惹事非，决定回南京受洗；然而到达南京后几天，便病逝了。
当时在京的李之藻，看到利玛窦的世界地图，十分惊讶，于是开始向利玛窦学习地理学、数学和天文学，他重新绘制了一幅近两平方米的世界地图，即《坤舆万国全图》，还出资刊印了利玛窦的《教义问答》，分赠友人与百姓。几年后，他也接受了洗礼。
万历三十年（1602年），利玛窦在北京会见了后来被誉为中国天主教三大柱石之一的杨廷筠（另外两人是徐光启和李之藻），那一年，杨廷筠奉旨进京正准备接任湖广道监察御使一职。九年以后，即万历三十九年（1611年），他在杭州领受了洗礼。
利玛窦等耶稣会士在北京获得居住权后，基督教在中国从南到北，依次有了肇庆、韶州、南昌、南京、北京五个居留点，特别是在北京的定居，使它的影响进一步扩大。
万历三十二年（1604年），已经皈依基督教的徐光启到北京参加会试，他进京后第一件事就是拜访教堂（神父们自用的小教堂），行忏悔礼和领圣餐，据说他在领圣餐时竟虔诚地留下泪来。徐光启这次还把他七十多岁高龄的老父亲也带到北京，想争取让老人在有生之年也皈依基督教。经过徐光启和利玛窦等传教士的努力，老人终于在逝世的前一年受了洗礼。万历三十二年是会试之年，各地举子汇集京城；这一年又是外察之年，外任官都到京城朝觐，传教士们利用这个机会与各地官员、士子及商人结交，扩大基督教的影响。
在北京，传教士们靠租房子住了六年，最初住在宫门附近，后来为了侯命随时入宫修钟而住在钦天监；从会同馆迁出后，仍租房居住。他们一直在选择可以修建教堂的地方，最终看中了顺城门（北京市宣武门东）附近一处面积宽敞的宅院，于是找来在京的一些朋友共议此事，徐光启也在其中，还帮助凑足了买房的钱。1605年（万历三十三年）8月27日，传教士们迁入新居，接着，他们修建了一间正式的礼拜堂，从此，北京有了最早的基督教的天主教堂，这就是后来著名的“南堂”。教堂中陈列有千里镜、地球仪、简平仪等天文仪器，以及龙尾车、砂漏、自鸣钟、天琴等。上至士大夫达官，下至普通穷人，各阶层不断有人登门“领教”，这一年在北京受洗的教徒超过了200人。利玛窦还专程去过北直隶保定府的乡村考察，发现在他们到北京之后的一年中，这里已经有150多名信徒加入基督教，而且人数正在增多。
徐光启进一步向传教士提出，应该印行一些有关欧洲科学的书籍，万历三十五年（1607年），经利玛窦与徐光启为时一年的共同努力，欧几里德的《几何原本》前六卷被译成中文。徐光启将六卷合印成一册出版，并为其写了《译几何原本引》和《刻几何原本序》两篇序言。《译几何原本引》是以利玛窦神父的名义撰写的，该书的出版，在当时中国知识界产生了重大的影响，一种新的科学的推演方法开始被中国人所接受。同年，他们又合编《测量法义》。通过向利玛窦学习数学和天文学，李之藻编译了《浑盖通宪图说》，这是第一部由中国人写成的介绍西方天文学的著作。利玛窦又与他合译了《同文算指》并合著了《乾坤体义》。 万历十一年（1583年），从利玛窦在肇庆第一次将标有经纬度的《坤舆万国全图》展示给中国人后，这幅地图在二十多年中广为流传，它使中国人第一次认识了整个世界。这次又通过太监呈献给明神宗，神宗将其看成是装饰品，十分喜爱；下令以织锦的方式复制十二幅，每幅用六扇大屏风装成，他要把它们送给他的皇子和亲属。
利玛窦于1610年（万历三十八年）5月30日病卧在床，11日临近黄昏时逝世，终年五十八岁。按中国的习俗，棺材用沥青密封，停放在教堂中。丧葬费用和棺木由李之藻出资。教徒中有人建议向皇上请求赐给利玛窦神父一块墓地，这样做还可以使教会和基督教在中国更加合法化。奏疏以庞迪我神父的名义上呈，由李之藻为之润色。在都御使孙玮和翰林院官员的帮助下，奏疏很快转呈皇上。他们又请叶向高与另一位内阁官员从中疏通。叶向高认为，仅就翻译《几何原本》一书的贡献，就应该赐予墓地。神宗让礼部复议，礼部根据《大明会典》的有关规定，认为可以同意庞迪我等人的请求，赐予一处无人居住的土地以安葬利玛窦。最后选定阜成门外二里沟的“仁恩寺”。由龙华民神父设计，通过对寺庙的改造，建成了基督教在中国的第一座墓地。北京的地方长官顺天府丞黄吉士，为了表示对死者的敬意，亲书“慕义立言”匾额，放于利玛窦神父的墓上，还为此组织了一个隆重的送匾仪式。
移灵时，以巨大的十字架作前导，京城中的大批信徒随行在后，他们举着点燃的蜡烛。徐光启亲自为利玛窦下葬，并落下了悲伤的泪水。以前耶稣会士死后，通常安葬在澳门的公墓里；而这次利玛窦被赐葬在京城郊外，成为轰动一时之事。利玛窦实现了他生前“将成为第一批死在中国的人”的诺言，他在北京居住九年，是他中国传教生涯中的最重要的时期，他的《中国札记》记载了他在中国二十八年的所见所闻。
利玛窦等人将欧洲文艺复兴后的科学技术带到中国，也向西方介绍了中国的文化，揭开了中西关系史上新的一页。
明末竟陵派诗人谭元春曾到利玛窦墓前凭吊，写下了《过利西泰墓诗》：
来从绝域老长安，分得城西土一棺。斫地呼天心自苦，挟山越海事非难。
私将礼乐攻人短，别有聪明用物残。行尽松楸中国大，不教奇骨任荒寒。
历时近四百年，利玛窦神父的墓仍完好保存在今北京行政学院校园内，墓碑上“耶稣会士利公之墓”的字样历历可见。 （张宪博）
明代的名人不计其数，但除了皇宫里的帝王公主，出生在北京的名人则少而又少，明中叶有李东阳，晚明则非李三才莫属。李三才在晚明声名卓著，算得上是老北京人中的佼佼者。因此，虽然他在京城留下的遗迹已经难以寻觅，但若提起明代的北京人，他却是个不能�