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部设郎中、员外郎各1人。总部、比部主事各4人，都官，司门主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改总部为宪部，二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改为十二清吏司，设郎中、员外郎各1人，主事2人，永乐十八年（公元1420年）除北平司，增置云南、贵州、交址三司。宣德十年（公元1435年）革交址司，遂定为十三个清吏司。
工部的首任尚书为单安仁，侍郎为张允文和杨翼。洪武六年，分四个属部，即总部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部为屯部。二十二年，改总部为营部。二十九年，定为营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司。设郎中、员外郎、立事各1人，另辖宝源局、军器局等。
永乐十九年（公元1421年），明成祖迁都北京，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。南京所设立之六部称“南六部”，虽同有一套职官，但多安置闲散退休或被排斥的官员，其职权远不如北京六部。所以，南京各官自成一种势力，与北京明争暗斗，两京官员迭为消长，操纵朝局。这是明代的一种奇特现象。
明代六部所属各清吏司之郎中、员外郎、主事等司官，皆为实际任职之人，所以颇能上下其手，招降纳贿。
明代六部尚书往往不拘定额，可以添差，故有道士而任礼部尚书，工头而任工部尚书的现象。
四、都察院
明代初年，沿元旧制，设御史台，洪武十三年（公元1380年）五月罢御史台。十五年改置都察院。这个机构为明代所创设的，与前代御史台之制不甚相同。都察院设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史及浙江、江西、福建、四川、陕西、云南、河南、广西、广东、山西、山东、湖广、贵州等十三道监察御史共110人。都御史为台长，与六部平行，合称七卿。都御史之职，据《明史·职官志二》说：
都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者，劾。遇期觐，考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。可见明代都御史的权力很大，凡官吏之考察黜陟则会同吏部、重大刑狱则会同刑部与大理院。其他各官署则分属十三道监察御史稽察。监察御史充任的职务，远比前代繁重。据《明史·职官志二》所载：
在内两京刷卷，巡视京营、监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城、轮值登闻鼓。在外巡按（北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人），清军，提督学校（两京各一人，万历末南京增设一人）。巡盐（两淮一人，两浙一人，长芦一人，河东一人），茶马（陕西）、巡漕、巡关、儹运、印马、屯田。师行则监军纪功，各以其事专监察。而巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。
御史权重如此，所以选授也极慎重，自永乐八年（公元1410年）以后，规定御史必从进士及监生中有学识并通达治体者选任。《明会要·职官五》引《三编》载：
永乐七年（公元1409年），召御史张循理等二十八人至，问其出身，皆由进士及监生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人虽不专一途，然御史为朝廷耳目之寄，宜用有学识通达治体者。”黜秉等为序班。诏：“自今勿复用吏。”明年冬，申谕吏部，着为令。
御史之权既重，然处事若有差失，惩办也极严厉。据《世法录》记载，洪武十五年（公元1382年）五月，御史雷励误把良民判为徒罪。明太祖查获其事，责之曰：“朝廷能使顽恶慑伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民无所守。尔为御史，执法不平，何以激浊扬清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪论决，可以再生乎？”并命法司论雷励之罪，以示警戒。就连书写失误，也被认为不称职而一例治罪。据《梦余录》记载，宣德间，御史谢瑶在荐举文牍上误书被荐者姓氏，奏书上呈后，又自陈改正。宣宗谓吏部曰：“古人奏牍皆存敬慎，石庆书‘马’字缺点，惧及死。今荐贤不知其姓，岂能知其才？轻率如此，岂称御史之职？”便把谢瑶贬为交址大蛮县知县。宣德十年（公元1435年），宣宗又特谕都察院：“朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛，令吏部：今后，初仕者不许铨除风宪。凡监察御史有缺，令都察院堂上及各道官保举，务要开具实行，移咨吏部，审察不谬，然后奏除。其后有犯赃及不称职，举者同罪”。可见有明一代，对御史官的选授和督察是甚为严格的。
五、通政使司
元代有四方献言详定司，后又置通政院，其职掌不相同。明代于洪武三年（公元1370年）三月，置察言司，以王文卿、原本两人为司令，掌受四方章奏，旋罢。洪武十年（公元1377年）七月，置通政司，设通政使1人，正三品；左、右通政各1人，正四品；誊黄右通政1人，正四品；左、右通议各1人，正五品。其属官有经历司经历1人，正七品；知事1人，正八品。《明史·职官志二》载：
通政使掌受内外章疏、敷奏、封驳之事。凡四方陈情建言，申诉冤滞，或告不法等事，于底簿内誊写诉告缘由，■状奏闻。凡天下臣民实封入递，即于公厅启视，节写副本，然后奏闻。即五军、六部、都察院等衙门，有事关机密重大者，其入奏仍用本司印信。凡诸司公文，勘合辨验允当，编号注写，公文用“日照之记”，勘合用“验正之记”关防之。凡在外之题本、奏本，在京之奏本，并受之，于早朝汇而进之。有径自封进者则参驳。午朝则引奏臣民之言事者，有机密则不时入奏。有违误则籍而汇请。凡抄发，照驳诸司公移及勘合，讼牒，勾提件数，给繇人员，月终类奏，岁终通奏。凡议大政、大狱及会推文、武大臣，必参预。
洪武十年（公元1377年），以曾秉正为首任通政使，刘仁为左通政使。上任之时明太祖晓谕说：“政犹水也，欲其常通，故以‘通政’名官。卿其审命令以正百司，达幽隐以通庶务。当执奏者勿忌避，当驳正者勿阿随，当敷陈者毋隐蔽，当引见者毋留难”。可见明太祖对这个机构是相当重视的。
通政使司是明代创设的，其职能似乎有类于南北朝的通事舍人、唐代的知匦使、宋代的合门使及通进银台司等机构之合并。在理论上是君主和臣下之间的一个联系机关，任何官署上奏事件都必须经由其手，所以居七卿之下的最高位次，有资格参预“廷推”。据《梦馀录》记载，通政司门下有一红牌，书云“奏事使”。持此牌可以直入内府，守卫官不得阻拦，这给通政使奏事提供了方便，下情能及时上达。通政司出纳王命，为朝廷之喉舌，其封奏皆自御前开拆，故奸臣有事即露，无幸免者。天顺（公元1457—1464年）以后，其作用虽稍减弱，但也为权奸所警戒。据《明史·严嵩传》载，嘉靖中，赵文华与严嵩结为父子，严嵩念“己过恶多，得私人在通政，劾疏至，可豫为计”。故以文华为通政使，及明中、晚期，通政司实际已被奸党所控制，通达下情之意，荡然无存了。清代君主直接受理奏章，通政使即变成闲曹，而其品秩却依然如旧。
六、大理寺
大理寺，洪武十四年（公元1381年）置，命李仕鲁为首任大理寺卿，正五品。置左右少卿，从五品；左右寺丞，正六品。十九年（公元1386年）置审刑司，共平庶狱。凡是大理寺所理之刑狱，审刑司均复详议之。为加强大理寺的权力，洪武二十二年（公元1389年），升大理寺卿为正三品，少卿正四品，丞正五品。可见明太祖对这个执法机关是很重视的，据《明代典则》记载，洪武二十四年（公元1391年）六月，太祖把大理寺丞周志清提为卿，并说：“大理之卿，即古之廷尉，历代任斯职者，独汉称张释之、于定国，唐称戴胄。盖由其处心公正，议法平恕，狱以无冤，故流芳后世。今命尔为大理寺卿，当推情定法，毋为深文，务求明允，使刑必当罪。庶几可方古人，不负命也”。大理寺所掌为“审谳平反刑狱之政令”。要做到“推情定法”，“刑必当罪”，使“狱以无冤”是很不容易的。所以大理寺官员选任之当否是非常重要的，据《梦余录》记载，宣德时，吏部尚书蹇义特为此事向宣宗上疏说：
刑部都察院职典刑名，而大理寺尤专详谳。居是职者，必得其人。其官属，宜从堂上官精加考■，庸劣不称者黜之，贪婪苛刻者罪之，其有作奸犯科者，责令互相纠举。违者，一体论罪。
蹇义奏疏所提出的原则实际上是无法实行的，尤其是明中期以后，大理寺之权竟落入“庸劣不称者”之手。以至刑狱不清，冤案四出。所以，嘉靖六年（公元1527年），黄绾又上疏世宗：
法司所以理刑名，至于大理寺职司参驳，关系尤重。凡任两寺官，非精律例，见出原问官之上，何以评其轻重，服其心乎？近见两寺官，有初入仕途，律之名例尚未通晓，即欲断按庶狱，未免有差。原问官因得指摘罅漏，借为口实，至于参驳。本寺亦不降心，辄逞雄辩，往复数次，淹累囚众，至不得已，将就允行。刑狱不清，职此之故①。
由于用人不当，庸劣当权，不精律例，偏执己见，因而拷掠成狱，�